台大校長管中閔偕同台師大校長吳正己、台科大校長廖慶榮今（14）日於媒體投書，批評教育部於7月預告將針對《專科以上學校教師資格審定辦法》提出的修法草案無視大學自治，教育部回應，針對質疑，其實施均有其前提要件及範圍，並非教育部直接干涉大學自主。
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台灣大學系統3校校長管中閔、吳正己、廖慶榮投書指出，教師升等草案規定學校教評會「應尊重外審委員之判斷，不得僅以投票方式推翻外審結果」將對學校及教師工作權均造成嚴重影響，更有侵犯大學自治之虞。
教育部今日回應，目前該草案仍在預告期間，各界所提意見會在草案預告結束後，將會同學校代表、教師團體代表、學者專家進行評估，讓修正草案更臻完善。教育部也表示，教師資格審定固為學術自主事項，應尊重學校專業判斷，但同時也攸關教師權益，不僅須踐行正當程序，實體評審時亦應注意其適當性。
教育部表示，台灣大學系統針對第10、22、38條所提意見，其實施均有其前提要件及範圍，並非教育部直接干涉大學自主。以第10條為例，是根據現行規定酌修文字，並非新措施，同時教育部針對學校未依法辦理而要求限期改善的規定，散見於大學法、私校法等相關法令，並非教師資格審定所獨有。
其次，第22條明定教評會應尊重學校送外審委員就「研究成果」之專業審查意見，除能提出具有專業學術依據之具體理由，動搖該專業審查之可信度及正確性外，不得僅以投票方式推翻「外審結果」。因此，條文已明定指涉標的，是針對研究成果的外審結果，並無擴大解釋。
另第38條明定教育部得要求學校另組教評會續審，必要時指定機構代審，其前提包括，學校未依行政法院確定判決重為審定，或違法處置經教育部糾正或限期改善，屆期未改善等情形。因此，教育部據以要求學校須有明確作為，以保障教師權益。