康芮颱風造成各地傳出災情，對此，衛福部疾管署示警表示，風災過後包含登革熱、類鼻疽、腸道疾病等5大傳染病風險上升。雖然中南部淹水災情不多，但北部豪雨災情嚴峻，登革熱疫情風險大增，應該特別加強清理積水。
疾管署表示，康芮颱風在中南部造成淹水災情不多，但北部豪雨勝過前2次颱風，目前新北市中和、新店仍有本土登革熱群聚疫情，根據統計，已累積個案達77例，除了新北市外，台北市、彰化縣、花蓮縣皆有相關個案。因此，風災後登革熱風險大增，呼籲民眾主動巡檢居家環境，落實「巡、倒、清、刷」，仔細巡視戶內外容器，將積水倒掉並徹底清除。
此外，疾管署表示，今年類鼻疽累計101例本土案例，為歷年來最高紀錄；在7月凱米颱風過後1個月內發病有69例，6例在10月山坨兒颱風後發病。依目前狀況來康芮颱風造成中南部淹水的災情不多，預估此次颱風後類鼻疽風險不會特別嚴重。
不過，疾管署仍提醒，民眾清理家園勿赤腳或穿拖鞋，避免感染鉤端螺旋體、類鼻疽及破傷風。高風險民眾風災期間盡量待在室內，避免開窗或建議室內外皆配戴口罩，以免吸入空氣中帶有病菌的塵土或水滴，降低感染機會。
最後，疾管署表示，要留意腸道傳染疾病，因風災地區蓄水池若遭到污水侵入，應確實清洗、消毒後再蓄水，並且將水徹底煮沸後再引用。泡過水或解凍過久的食物請勿食用。居家環境可用市售含氯漂白水稀釋100倍擦拭；廚具及餐具應煮沸消毒，或用10公升清水加40毫升漂白水稀釋進行消毒，並以清水沖洗乾淨後再使用。限水或停水地區，務必飲用煮沸的開水或是市售瓶裝水。
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此外，疾管署表示，今年類鼻疽累計101例本土案例，為歷年來最高紀錄；在7月凱米颱風過後1個月內發病有69例，6例在10月山坨兒颱風後發病。依目前狀況來康芮颱風造成中南部淹水的災情不多，預估此次颱風後類鼻疽風險不會特別嚴重。
不過，疾管署仍提醒，民眾清理家園勿赤腳或穿拖鞋，避免感染鉤端螺旋體、類鼻疽及破傷風。高風險民眾風災期間盡量待在室內，避免開窗或建議室內外皆配戴口罩，以免吸入空氣中帶有病菌的塵土或水滴，降低感染機會。
最後，疾管署表示，要留意腸道傳染疾病，因風災地區蓄水池若遭到污水侵入，應確實清洗、消毒後再蓄水，並且將水徹底煮沸後再引用。泡過水或解凍過久的食物請勿食用。居家環境可用市售含氯漂白水稀釋100倍擦拭；廚具及餐具應煮沸消毒，或用10公升清水加40毫升漂白水稀釋進行消毒，並以清水沖洗乾淨後再使用。限水或停水地區，務必飲用煮沸的開水或是市售瓶裝水。