衛福部規劃2025撥款50億元作為「癌症新藥基金」，並提高癌症篩檢預算至68億元，為國人對抗癌症增添更多預防及治療的資源；同時亦有20億元公務預算挹注罕病專款，保障罕病病友用藥權益。
吳玉琴作為過去八年的民進黨社福立委，她認為在二代健保施行後，新藥審查時間大幅增加。以罕病用藥而言，平均需要等待2-3年，癌症病友使用到國際治療指引所列新藥已是3-4年後，在財務預算允許的情況下使用公務預算提撥，有望縮短病友取得新藥的時長，「我非常樂見這樣的發展，重點是及早讓病友使用到應該使用的藥品，且不至於因病而窮。」
不過，當前健保署對於癌症新藥基金的規劃，與先前病友團體訴求不盡相同。健保署認為應先可適用的藥品鎖定為具醫療迫切需求及治療潛力，但臨床效益、財務衝擊評估不確定之癌藥（或新藥）或新適應症，讓病友快速使用。然而，台灣癌症基金會副執行長蔡麗娟表示，「現在有些已成為國際治療指引的標準治療，因為對健保財務衝擊太大，導致等不到健保給付」，希望在財政無虞的情況下，先將百億癌藥基金優先用於這些療效明確的藥物上。就此，在立院力推癌藥基金的吳玉琴呼籲「對於新開發還沒有取得藥證還在研究的藥，我們當然鼓勵。不過有沒有可能先回到病友們期待，將國際已經在使用的藥物，讓病友及早用到，可能更實際，也更能呼應賴總統的癌症死亡降低的目標。」
針對公務預算挹注罕病專款和癌藥基金的討論，外界不乏更多新興財源的建議。日前台灣癌症基金會調查便指出，無論是菸捐、酒捐、食品健康捐等分別有四到七成立委支持加徵；但吳玉琴卻認為實務面的立法與修法才是癥結點。以菸捐為例，吳玉琴表示過去對於菸的稅捐已相當多，應尋找更多元財源，像是糖捐、酒捐或其他健康捐都可以進行相關討論，不應侷限在菸捐。
吳玉琴表示，未來將在「台灣健康聯盟」邀請專家學者及病友團體討論更多健康財源，並廣泛蒐集國際作法，讓罕病專款和癌藥基金等有更穩健的財源基礎，在民間持續傾聽聲音並務實地溝通政策，共同完成健康台灣的願景。
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不過，當前健保署對於癌症新藥基金的規劃，與先前病友團體訴求不盡相同。健保署認為應先可適用的藥品鎖定為具醫療迫切需求及治療潛力，但臨床效益、財務衝擊評估不確定之癌藥（或新藥）或新適應症，讓病友快速使用。然而，台灣癌症基金會副執行長蔡麗娟表示，「現在有些已成為國際治療指引的標準治療，因為對健保財務衝擊太大，導致等不到健保給付」，希望在財政無虞的情況下，先將百億癌藥基金優先用於這些療效明確的藥物上。就此，在立院力推癌藥基金的吳玉琴呼籲「對於新開發還沒有取得藥證還在研究的藥，我們當然鼓勵。不過有沒有可能先回到病友們期待，將國際已經在使用的藥物，讓病友及早用到，可能更實際，也更能呼應賴總統的癌症死亡降低的目標。」
針對公務預算挹注罕病專款和癌藥基金的討論，外界不乏更多新興財源的建議。日前台灣癌症基金會調查便指出，無論是菸捐、酒捐、食品健康捐等分別有四到七成立委支持加徵；但吳玉琴卻認為實務面的立法與修法才是癥結點。以菸捐為例，吳玉琴表示過去對於菸的稅捐已相當多，應尋找更多元財源，像是糖捐、酒捐或其他健康捐都可以進行相關討論，不應侷限在菸捐。
吳玉琴表示，未來將在「台灣健康聯盟」邀請專家學者及病友團體討論更多健康財源，並廣泛蒐集國際作法，讓罕病專款和癌藥基金等有更穩健的財源基礎，在民間持續傾聽聲音並務實地溝通政策，共同完成健康台灣的願景。
