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對此，交通部表示，尊重陸委會的決定，對於兩岸觀光部分，交通部支持循序漸進恢復兩岸健康有序的觀光交流立場不變，也提醒國人赴中港澳旅遊前應掌握充足資訊，多加評估自身風險並注意旅遊安全事項，以保障個人安全。
交通部提到，有關赴中港澳團客權益部分，旅遊警示為參考性建議，旅行社與旅客均可再評估是否前往旅遊，倘旅客取消行程可依旅遊定型化契約原則辦理，個案爭議可透過中華民國旅遊品質保障協會調處。
交通部透露，交通部長李孟諺已請觀光署密切掌握赴中港澳旅遊團的後續情形，並與旅行業者持續說明溝通，確保旅客權益獲得應有的保障。同時，也請觀光署積極配合宣導，提醒國人出發前進行風險評估並注意旅遊安全事項，行前務必至陸委會「國人赴陸港澳動態登錄系統」登錄，旅遊期間也應多加留意，以確保自身安全。
台北市旅行商業同業公會理事長駱炫宏接受《NOWnews今日新聞》採訪時坦言「沒有心理準備」，這對旅客出遊勢必會有影響，也會造成旅行業不方便。
駱炫宏解釋，橙色警示燈號並無強制性，只是建議民眾避免非必要旅遊，紅色警示燈號才是完全禁止。以旅行業角度來看，能理解政府作為，但也感到錯愕，認為應考慮是否一下子將層級拉太高，被問及兩岸旅遊是否還有解凍曙光，駱炫宏則回應「有夢最美，希望相隨」，期望政府談判間，也能讓民間旅遊、交流、商務、參訪等活動繼續執行。
雄獅旅遊表示，自6月開始赴陸旅遊皆已停止出團，所以影響不大。目前僅提供自由行、商務旅客相關之機票、住宿、接送等代訂服務。
