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原本監委權力頗大,還負責對司法院正副院長、大法官,考試院正副院長、考試委員行使同意權,甚至能對總統提出彈劾,但修憲後,相關職權都已有所不同,且彈劾總統的權力,也已移轉給立法院,現行的監查院,只剩針對公務機關的彈劾、糾舉及審計權。
民進黨一向支持三權獨立,主張廢除考監兩院,前總統陳水扁2004年在原監委任期屆滿時,提名監委名單,遭當時泛藍陣營杯葛,也乾脆不再換名單,讓監院正副院長與監委處於空窗狀態長達3年半。
2007年大法官《釋字第632號解釋》,認定立法院破壞憲政體制,嚴正要求立法院盡快進行適當處理。不過也一直要到2008年5月20日馬英九上任總統後,才重新提名監察院正副院長與監委。
監察院過去較知名的彈劾案,當屬1952年彈劾當時的副總統李宗仁,理由是李宗仁代理總統違法失職,但實際上是政府遷台後,李宗仁赴美,未一同來台。
另外,總統賴清德擔任台南市長時,不滿議長李全教涉賄選,拒進議會209天,也曾遭監院彈劾,賴清德當時也痛罵監委是選擇性辦案。而賴清德的愛將、曾任內政部次長的陳宗彥,捲入嫖妓案,監察院雖提出彈劾但卻未通過,又換藍營批監察院已淪為民進黨的酬庸院。