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林文皇表示，在整體防空作戰部分，演練聯合防空、民用機場徵用暨戰力整補（例如25日晨間於臺東豐年機場進行空軍戰機的戰力整補）、海上部隊艦隊防空、反封鎖護航、電子戰，以及地面部隊戰力保存、灘岸阻絕及臨戰訓練等作為。
林文皇表示，聯合截擊作戰部分，整合海上、空中兵力及岸置武器，演練聯合截擊、反封鎖作戰；作戰區遂行反空機降作戰，（在反空機降作戰上於26日上午在桃園國際機場實施），及重要港口封港作業；通聯中斷下進行分散式指管；軍需工業支援主戰裝備搶修及油料整補；外離島地區實施反登陸作戰實彈操演等任務。
聯合國土防衛作戰的部分，林文皇表示，演練重點包括中樞防衛、各重要軍事目標、關鍵基礎設施防護及戰傷搶救等，並由作戰區於各重要灘岸、港口、機場，整合全民總力，實施反登陸、反空（機）降，27日上午於淡水河、八里海灘、臺北港等作戰情境之實兵演練。
漢光39號演習原本預定於27日於桃機舉行實兵演練，由於是暑假出國旺季，民眾擔憂出國行程受到影響，經國防部與交通部協調後，改為26日上午於桃園國際機場執行反空機降作戰，這也是桃園國際機場啟用44年以來，首度納入漢光演習操演項目，演習期間將發布禁行管制，交通部預估26日上午9點到11點的航班會受到影響，正在做航班的調配。
