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電影取景上也挑戰了水中攝影及空拍，只為了捕捉到最美的畫面，其中一場全家人到海邊玩的戲，李李仁必須和小童星謝飛在海裡拿麵包餵熱帶魚，演出「父子同樂」的戲碼，演員們開拍前還特地到游泳池練習。
正式開拍後因為李李仁的水性太好，加上海水浮力不同，為了「沉入水底」也只好在泳褲裡裝上鉛塊才能順利沉到水裡。他受訪時笑說，雖然自己已順利下沉，但小朋友仍然潛不下來，「所以我拍攝時只好一直把他往水裡拉，我們只好假裝很和樂的在跟熱帶魚玩」。飾演媽媽的范文芳更因為水性不好而折騰了一番，但敬業的她還是硬撐完成這場戲，讓李李仁大讚她的敬業。
也因為這部電影，前陣子讓李仁哥有感，私下他與兒子相處時，兒子挑戰做船，李仁哥PO上臉書表示這艘船讓他想起心靈時鐘裡，葉藍(劇中的兒子)做的葉藍號。他感性地說：「能陪小孩洗澡玩船，是何等幸福的快樂！每個人都要堅強的走完人生的旅程，不要輕易的放棄。」
《心靈時鐘》是繼2012年《候鳥來的季節》後，導演蔡銀娟與監製李志薔夫妻再度推出最新動人力作，導演蔡銀娟表示，早在構思拍攝《心靈時鐘》時，就已為電影規劃了海洋與水的意象：「海洋的神秘與深邃就像片中李李仁飾演的爸爸一樣，讓《心靈時鐘》透露出一種謎樣的色彩還有寬闊的情懷；而水的意象就像范文芳飾演的媽媽一樣，溫柔的包容一切，同時也豐富了電影的層次。」
