新冠肺炎疫情持續蔓延，雖然因為全台三級警戒兩週後，台灣的疫情有降溫的情況，不過能夠根除疫情的疫苗目前仍舊持續缺乏。面對國內出現的疫苗荒，政府擬用國產高端疫苗解決，不過高端疫苗不僅未經過三期驗證，就連二期驗證也尚未解盲。對此台北市長柯文哲直言，「很抱歉，我們還是科學家、醫學院教授，沒有辦法支持中央很多說法。」
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針對疫苗相關議題，柯吳哲表示過去一周已經討論很多，是非對錯大家心裡有數。「要不要支持台灣疫苗產業？要；要不要支持本土生技產業？當然需要。」柯文哲說，問題現在情況是，要耗費很大力氣才能維持疫情控制，這跟一年前不一樣。
柯文哲表示，他也支持本土生技產業，也支持台灣疫苗產業，並且認為這是重要的國防必須。不過問題現在情況不一樣，柯文哲強調，國際上有認證疫苗，價格也不是太離譜，能打就先打，至少先擋一下，至少先封住。至於高端疫苗的第二期、第三期試驗爭議，柯文哲直言，「很抱歉，我們還是科學家、醫學院教授，沒有辦法支持中央很多說法」。
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