新冠肺炎疫情在全台灣持續蔓延，疫苗的施打成了現階段防疫的首要重點。不過在外國疫苗缺乏的情況下，中央政府只能仰賴國產疫苗的生產。中央防疫指揮中心宣布，已和國產疫苗高端、聯亞簽約，各下訂500萬劑，不過目前連疫苗2期試驗都未解盲，要是試驗失敗怎麼辦？對此台北市長柯文哲也怒批中央，不買做過3期的國際廠牌疫苗，硬是要用國產，「你要考慮的是全國人民的最大利益，不是2家生技公司的最大利益。」
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國內高端、聯亞兩家生技公司，負責開發並生產國產疫苗。不過兩家生技公司因為時間緣故，都沒辦法進行疫苗第三階段測試，就得緊急上市。而指揮中心也揭露已經與兩家公司簽署合約，分別採購500萬劑疫苗一共1000萬劑。不過外界也好奇，疫苗不僅沒經過三期認證，就連第二期的試驗結果都還沒解盲，若到時候解盲失敗，指揮中心又該如何處理？
對此柯文哲也怒批中央，全世界已經打了18億劑疫苗，有WHO認證的疫苗有6支，每支都打過上億人，這些明確做過3期試驗的疫苗，價格相當明確；政府卻要去採購連2期都沒做完的，稱價格是商業機密，，現在很明顯國外疫苗馬上就能買，你硬是要用國產疫苗，理由到底是什麼？
柯文哲強調，中央到底是要保護生技產業，還是保護本國的人民生命安全？疫苗關乎人民的生命，發展國家生技產業固然很重要，不過現在感染源散在台灣各地，現階段是靠人民自治管理，才能控制在一定程度，「我們要考慮國家人民的最大利益，不是考慮這兩家生技公司的最大利益。」
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