由於進入流感疫情高峰期,10月初起開始施打公費流感疫苗。不過因為今年適逢新冠肺炎疫情期間,導致施打的人數飆升,疫苗一度缺貨,讓衛福部方面不得不宣布50歲至65歲的民眾暫停施打,先讓65歲以上長者施打後再重新開放。而針對疫苗短缺一事,台北市長柯文哲受訪時也直言,50歲到65歲的民眾太早出來打,現在暫緩應該能有效解決問題。

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柯文哲表示,以過往每年施打流感疫苗的經驗,通常是讓65歲以上的長者與學校的學生先行施打,然後才輪到身體較健康的民眾再施打。「結果今年同時開始施打,這些50歲到65歲比較健康、有活力的就趕快出來打,反而是年紀比較大、動作比較慢。」柯文哲說,「不過既然衛福部已經緊急做措施,規定50歲到65歲現在暫時不打,實施分段打以後,大概問題就少一點」。

而有消息指出,今年的疫苗施打措施引發民怨,甚至讓各地的民進黨籍縣市議員,輪番在通訊軟體群組中砲轟中央。柯文哲也直言「這就是沒有預先想到」。「我們今天早上討論台北市怎麼緊急善後,現在就是學校有準備18萬支留用,然後讓65歲以上老人先打。」柯文哲說,「所以還是按照順序,由高危險群先打,打剩下再打那些比較年輕力壯的族群。按照目前狀況,自費要1000元到1400元,不見得有貨,現在要訂也來不及了」。