聖約翰科大爆發苛扣教師薪資、學術研究加給風波，昨（12）日校方發出聲明表示，全體教職員回溯自8月，恢復原有薪資發給並發全薪。對此教育部次長劉孟奇今（13）日表示，雖然校長有他的改革理念，但教育部絕不允許以違法手段進行。
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聖約翰科大日前爆發教師減薪爭議，未按月發給教師薪資，教育部日前也已祭出10萬元罰則，並要求限期改善並連續開罰，聖約翰科大校長黃宏斌在昨日也發出道歉聲明表示，經董事會同意，自8月起全體教職員恢復原有薪資發給。
劉孟奇今日受訪表示，校長在引發教師不滿後有前往教育部來商談，校長有他的理念，我們都給予尊重，但治理一個學校，就是要保護師生的權益，任何的理念都必須以合法的手段達成，教育部明確表示，這就是明確違反教師待遇條例，就是違法。
劉孟奇強調，教育部的立場很簡單，就是所有的違法狀況應該更正，而針對外界認為教育部遲遲不作為或是懲處過輕，劉孟奇說明，教育部不會不作為，會依照程序一步一步來做，如果接下來再沒有改善，那就不只有連續罰款，會追究學校的行政責任，因為這是嚴重違反教育法令的情形，再沒有改善就會追究到董事會的責任。
劉孟奇說明，因為教育部給出的下次期限是在15日，等到所有的薪資都入帳處理好就會再進行確認，也希望在明天就可以看到校方所有的公文都送到教育部確認，也重申，教師待遇條文也很明確，全中華民國的法令都沒有以扣薪水作為協議的手段，「這樣就不是協議了，是脅迫。」