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科技部、財政部根據習近平的重要指示，多次召開專門會議，研究加強兩地科技合作的措施。科技部及財政部最新公布試行計畫，合共 12 項條文，指以往「中央財政科技計畫」只由大陸高等院校、科研機構和企業承擔，現拓展至符合條件的港澳機構，具體機構由大陸與港澳兩地協商確定。
根據條文，港澳政府的高等院校和科研機構可透過「競爭摘優」的方式承擔項目，並獲資助，港澳機構可自行牽頭申報，或聯合大陸單位申報，並根據實際支出提出經費需求。過去，港澳機構參與大陸科研項目，須伙拍大陸院校或機構才能參與。
近年國務院推行「中央財政科技計畫」的管理改革方案，將中央各部門管理的科技計畫整合成 5 類，包括國家自然科學基金、國家重點研發計畫，近年獲批項目包括大數據處理的平台開發、癌症病毒的全序列鑑定等。
港府發言人稱當局歡迎安排，指容許香港的大學和科研機構申請「中央財政科技計畫」項目，在港使用有關資助，是大陸與香港科研合作的「重大突破」，也是本地學術科研界的訴求，相信容許科研資助跨境流動將為香港科研界注入更多動力。
香港《文匯報》報導，目前，在港兩院院士來信反映的國家科研項目經費過境香港使用、科研儀器設備入境關稅優惠等問題已基本解決。國家重點研發計畫已對香港 16 個國家重點實驗室港澳夥伴實驗室直接給予支持，並在試點基礎上，對國家科技計畫直接資助港澳科研活動作出總體制度安排。
香港在大陸設立的科研機構均已享受到支持科技創新的進口稅收政策，澳門 2 個國家重點實驗室夥伴實驗室也得到了國家科技計畫直接支持，香港、澳門科技界反響熱烈。下一步，國家有關部門還將系統落實習近平重要指示精神，支持科研人員深入參與國家科技計畫，有序擴大和深化大陸與香港科技合作。
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