教育部 27 日晚間「拔管」，台大遴委會今（30）日聲明，教育部如果沒有給一個合法的理由，「遴委會就不可能屈於政治力再度開會」，對此教育部長吳茂昆回應，要不要重啟，應該要交由台大校務會議決定，這才是真正的校園自治，「所以台大代理校長，應該要開會來討論這件事情」。
吳茂昆強調，最近外界有人質疑教育部干涉大學自治、大學自主，但教育部絕對沒有干涉這兩件事情，甚至還尊重大學自治精神，才將管案駁回，請遴委會重新檢視。
他重申，大學校長遴選不是選舉，遴選需要經過審慎的資格審查，選出最合適、最適法正當的人，來領導大學，不是一般民粹選舉，「看誰聲音大、力量大，就可以拿到更多票」，台灣近年來在大學遴選常出現紛擾，就是跟民粹選舉有關。
吳茂昆指出，教育部絕對捍衛大學獨立自由的立場，將來對大學運作的方法，包括校長遴選制度等，會全面進行檢討與改變。此外，他也認為，大學校務會議的主席，不應該由校長擔任，這就好像行政院長兼任立法院長一樣，會監督失衡，也跟教授治校的理念有很大的衝突，他回憶，當初他當東華大學校長開校務會議時，就說不想當主席，但其他人說大學法這樣定，因此只好接受校務會議主席的身分。
吳茂昆表示，大學校長的遴選結果，教育部當然有權限，因為教育部代表的是全民監督，而且大學校長是教育部聘任的，所以教育部可以檢視大學校長，適不適合、合不合法來帶領校長；如果遴委會不願意重啟，那麼台大的代理校長，應該要開校務會議來討論這件事。
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他重申，大學校長遴選不是選舉，遴選需要經過審慎的資格審查，選出最合適、最適法正當的人，來領導大學，不是一般民粹選舉，「看誰聲音大、力量大，就可以拿到更多票」，台灣近年來在大學遴選常出現紛擾，就是跟民粹選舉有關。
吳茂昆指出，教育部絕對捍衛大學獨立自由的立場，將來對大學運作的方法，包括校長遴選制度等，會全面進行檢討與改變。此外，他也認為，大學校務會議的主席，不應該由校長擔任，這就好像行政院長兼任立法院長一樣，會監督失衡，也跟教授治校的理念有很大的衝突，他回憶，當初他當東華大學校長開校務會議時，就說不想當主席，但其他人說大學法這樣定，因此只好接受校務會議主席的身分。
吳茂昆表示，大學校長的遴選結果，教育部當然有權限，因為教育部代表的是全民監督，而且大學校長是教育部聘任的，所以教育部可以檢視大學校長，適不適合、合不合法來帶領校長；如果遴委會不願意重啟，那麼台大的代理校長，應該要開校務會議來討論這件事。