嘉義市政府爭取高鐵嘉義站與台鐵嘉義站輕軌，認為這是中央職責，喊話中央全責處理。對此，鐵道局則表示，以台中捷運、台南捷運為例，應由地方統籌。
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鐵道局說明，為因應高鐵嘉義站聯外運輸需求，行政院於94年3月24日核以「高鐵嘉義站聯外BRT執行方案」，作為高鐵嘉義站聯外運輸之服務。同函指示「本路廊原有規劃輕軌捷運之議，考量政府財政狀況及運量需求，請貴部參考本路廊運量成長情形，再適時提出輕軌計畫。」依據大眾捷運法第13條規定「大眾捷運系統之建設，由中央主管機關辦理。但經中央主管機關報請行政院同意後，得由地方主管機關辦理。」，依據前開規定，中央及地方均得辦理捷運建設。
鐵道局指出，按臺北、新北、桃園、臺中、臺南、高雄等地區40餘年捷運建設經驗，由於捷運評估規劃不論路線方案研擬、運輸需求預測、路線場站選址、土地開發方式及強度等，均涉及地方政府對其都市發展之擘劃，且計畫後續推動所涉用地取得、都市計畫變更及車站周邊交通轉乘規劃等均屬地方政府權責，故除機場捷運性質特殊，屬於國家門戶國際機場之聯外運輸，93年間決議由中央興建外，其餘捷運均係由地方政府依前述大捷法第13條規定統籌辦理。
有關嘉義市政府主張，高鐵聯外為中央職責，應由中央出資並統籌辦理，鐵道局以臺中捷運綠線為例，該路線與嘉義BRT計畫同期推動為高鐵站之聯外捷運系統，其計畫執行臺中市政府亦依照相關規定負擔用地、自償及部分非自償經費，且該府因未具捷運建設經驗，爰委託臺北捷運局代辦興建，俟興建完成後亦依大眾捷運法規定成立營運公司營運，其他如臺南市政府規劃中捷運(臺南捷運藍線及延伸線)亦將與高鐵臺南站連結，營運中臺北捷運、高雄捷運均提供高鐵站聯外功能，惟均依地方捷運建設的模式由地方政府主辦，中央依計畫審議結論予以補助，此為全國一致性原則。
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另有關嘉義市政府所稱「請交通部依據行政院2005年同意高鐵嘉義站聯外BRT執行方案，續辦輕軌藍線建設計畫規畫及依路廊運量成長提輕軌計畫」，鐵道局認為，這恐對於行政院函示有所誤解，行政院94年間已核定高鐵嘉義站聯外採BRT系統，至於行政院請交通部參考本路廊運量之成長情形，再適時提出輕軌計畫，係屬對於交通部後續協助地方政府將計畫提報行政院審查之提醒，並非要求交通部續辦輕軌計畫。
嘉義市政府積極推動輕軌捷運計畫，交通部表示，持樂見與支持態度，建請參考國內其他地方捷運推動經驗模式持續推動，交通部與鐵道局除已補助該府規劃經費1290萬元，後續審議過程亦將提供相關協助，共同為地方建設努力。
