立法院6月三讀通過《原住民保留地禁伐補償條例》修正案，一度引發行政立法兩院緊張，藍白為此杯葛總預算案，立法院13日三讀通過《原住民族委員會組織法》修正案，根據新法，原民會主委將改由山地與平地原住民輪流擔任，而原民會聘用的各族委員則改為無給職。對此，原民會嚴正聲明，修法嚴重傷害原住民族權益，將研議報請覆議或聲請釋憲。
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原民會表示，山地與平地原住民區分源自殖民政權的不當分類，欠缺歷史正義合理性，在野黨罔顧族人尚無共識，在該會主委任命上強迫複製殖民遺緒，與原住民族主體性發展背道而馳，更違背《憲法》增修條文中「依民族意願保障民族權利」的精神。
原民會強調，首長任用應以專業適任為唯一考量，強制輪流擔任，不利進用人才，更忽視主委為政治任用，沒有固定任期，山平原輪流擔任的時間必然不均，何來公平可言。尤其此次修法不當限制行政院長的人事決定權，牴觸《憲法》第53條及大法官釋字第613號解釋所闡明的行政一體、責任政治及權力分立等原則，更是逾越立法機關對行政院人事決定權制衡的界線。
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至於將16位聘用委員改為無給職，原民會強調，這一修法等於減少該會7%的員額，不僅大幅減損該會的服務量能，更是直接剝奪各族參與原住民族政策形成的主體權利，對原住民族權利將造成不可挽回的損害。針對在野黨提出附帶決議要求增設原民會員額，原民會回應，該決議無法律效力，無法實質保障族人權益，此次修法對原住民族的傷害已無法避免。
原民會最後強調，捍衛原住民族的權利與發展是其責任所在，修法嚴重違反憲政原則與族人意願，原民會將評估依《憲法》規定程序採取法律行動，以保障原住民族權利。