有媒體報導，日前有位林姓男子經兩家大醫院精神科確認有「性別認同疾患」，性別認同應為女性，持診斷證明到嘉義市東區戶政事務所辦性別變更，卻被以未摘除性器官為由拒絕；高雄高等行政法院認為，戶政機關此舉侵害林心理、身體的完整權，判林勝訴。全案可上訴。對此，內政部表示尊重，並強調依判決結果個案登記。
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內政部表示，目前出生登記係採生理性別，97年11月3日令係依據前行政院衛生署97年10月13日召開的會議決議，闡明欲性別變更者，當事人須檢具2位精神科醫生鑑定診斷書及原生理性別性器官摘除手術完成診斷書等證明文件。近期法院免術判決，內政部表示尊重，並強調依判決結果個案登記。
內政部進一步表示，有關性別變更議題會持續蒐集相關影響評估意見，也會尊重醫療專業的判斷，並參考國外法制，研議性別變更認定要件，並朝法制化方向規範。