有媒體報導，有關新北市既有寺廟於國土計畫法上路後，將無從合法化。對此，國土管理署今（16）日嚴正澄清，國土計畫法施行後，對於輔導寺廟合法化並無差別，內政部刻正研擬輔導方案，持續協助地方政府輔導寺廟合法化，請宗教團體無須過度擔心。
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國土管理署指出，既有宗教建築本就可循現有區域計畫法相關規定申請用地變更，惟部分宗教建築位於不適合的土地區位，如位於山坡地、環境敏感等區域，因涉及水土保持、環境影響評估等程序，且位在第一級環境敏感地區者，依法本就無法申請土地變更，此是累積數十年議題，然地方政府長期以來未能依據現行申請合法機制落實輔導工作且未能正視此問題，應對既有寺廟予以協助，而不是將問題歸咎於國土計畫法上路。
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國土管理署進一步說明，現行區域計畫法規定可以作宗教建築使用的甲種、乙種、丙種建築用地、遊憩用地及特定目的事業用地，未來均可供宗教建築繼續使用。已經合法的宗教建築物未來無論劃設為何種國土功能分區及分類，均得維持原來的使用，至於其他有違規疑慮的宗教建築物，內政部刻正依據全國國土計畫有關「專案輔導合法化原則」規定，在兼顧維護宗教信仰、國土保育、農業發展、國土空間秩序等的前提下，研訂輔導計畫，請地方政府持續辦理寺廟合法化工作。
國土管理署續指，此外，考量宗教寺廟為國人重要心靈涵養場域，其坐落區位應儘量靠近人口集居地區，以方便就近參拜，目前研訂之「國土計畫土地使用管制規則」草案，初步規劃以城鄉發展地區（第2類之1、第3類）及農業發展地區（第4類）為宗教建築申請新增使用的區位；另在國土計畫框架下，直轄市、縣(市)政府可於目的事業主管機關提出輔導方案後，評估另訂土地使用管制規定，兼顧國土保育與民間宗教信仰。