總統賴清德對日關係備受矚目，有媒體質疑賴清德在副總統任內出席日本前首相安倍喪禮驚動日方高層，總統府則澄清，賴是以「至親摯友」身份直入會場捻香，並不存在突發狀況。對此，遠景基金會執行長賴怡忠今（7）日指出，賴清德上任總統後台日關係大幅加溫，從日本官員主動要求訪台、多次與他國強調台灣重要性就可窺見一二，日方不信任賴清德的相關說法與現實狀況大有出入；知情人士也提到，賴清德與安倍晉三淵源甚深，兩人深厚交情長達20年，因此受安倍家族邀請以「至親摯友」身份全程與會。
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《上報》報導，賴清德當選總統前，包含代表台灣赴日向遇刺身亡的前首相安倍晉三奔喪行程，及之後在總統大選時，發言不慎碰觸日本敏感神經等；相較日本傳統選舉政治人物，外務省文官系統私底下對賴並非完全放心，仍心有餘悸。
對此，知情人士透露，賴清德與安倍晉三淵源甚深，兩人深厚交情長達20年，因此受安倍家族邀請以「至親摯友」身份全程與會，前往安倍的東京寓所弔唁，並搭乘專車直入增上寺祭壇捻香致哀。他說，安倍胞弟、前日本防衛大臣岸信夫當時也在個人臉書發布賴清德與安倍家族的合照，感謝「台灣的友人」賴清德前來弔唁。
該人士提到，賴清德當時雖以私人身份低調訪日，仍是台日自1972年斷交以來最高層級特使，NHK、朝日新聞等日媒均特別關注賴清德訪日的外交意義，將賴清德定位為台灣政壇親日派要角，並將此行解讀為台日外交的重大突破。
賴怡忠分析，由於台日並無正式外交關係，台灣總統、副總統、行政院長、外交部長與國防部長依慣例無法訪日，因此賴清德赴日是前所未見的重大突破，日本文官體系的關注勢所必然，但事實上，日本家祭僅開放至親、重要友人與會，賴清德受邀代表他與安倍關係非常緊密，安倍家族才會堅持邀請賴清德出席，從結果來看，賴清德訪日行程平順完滿，也為台灣高層政務官員後續訪日行程開了綠燈，顯見此行對台日互信關係取得的具體進展。
賴怡忠指出，台日關係在賴清德上任總統後持續提升，由日本內閣官員、跨黨派議員陸續主動要求訪台就可見雙邊關係密切，日本與其他國家互動時也多次強調台灣重要性，在日澳2+2會談、美日韓參謀總長對話中均將台灣納入對話框架，「如果日本對台灣賴清德總統沒有信任感，不會在這些場合把周邊台海穩定放進來。」
賴怡忠說，去年日本自民黨副總裁麻生太郎訪台會見三黨總統候選人後，也表示賴清德是可受賴清德信任的台灣未來領導人，日本不信任賴清德的相關說法與現實狀況大有出入，「至於記者這樣處理，他的data point從哪來，我就不予置評」。
對於媒體報導，總統府發言人郭雅慧今回應，相關報導與事實狀況並不相符，內容所稱「突發」行程更係憑空臆測。
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郭雅慧表示，賴清德是以至親摯友身分獲邀專車直入會場，只要參考當時國內外媒體報導，即可了解相關行程均經過台日雙方審慎安排，並不存在突發等狀況。
郭雅慧指出，日本首相岸田文雄日前於社群回覆賴清德表示，「對日本來說，台灣是共享自由、民主、人權、法治等基本價值的極為重要的夥伴，也是重要友人，相信日台間的Kizuna-心靈連結，今後也會繼續深化」，且賴總統上任至今，不分政黨的日本友人與訪團頻繁會面，台日友好不言可喻。她提到，該報導以不實敘述為標題，恐誤導國人對台日關係的正確認識，建議媒體報導前應妥為查證。