珊珊颱風於日本當地時間29日上午8點，在鹿兒島縣薩摩川內市附近登陸，日本氣象廳向鹿兒島縣發布強風巨浪特別警報，九州多地出現豪大雨，陸空交通嚴重受阻。
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綜合《NHK》等日媒報導，珊珊颱風以每小時約15公里的速度向北移動，颱風中心的氣壓為935百帕斯卡，中心附近的最大風速達每秒50公尺。九州的大分縣、宮崎縣、鹿兒島縣出現線狀雨帶，需嚴防山崩、低窪地及河川氾濫。宮崎縣、鹿兒島縣、熊本縣、大分縣、愛媛縣、靜岡縣發生土石流的風險極高，部分地區發出警報，有地區出現洪水。
珊珊颱風已造成日本多地陸空交通受阻，九州新幹線29日上午8點開始全線停駛，西九州新幹線週四全天停運，東海道新幹線、山陽新幹線亦在部分區間減速運行，可能因應情況停駛。
航空交通方面，多架往返九州和四國機場的航班取消，日本航空29日共取消265個航班，全日空共取消173個航班，捷星航空、天馬航空等亦取消部分航班。
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截至29日上午9點，已知有39人受傷，其中鹿兒島縣9人，宮崎縣30人，並有1人失蹤。社群網路上流傳許多屋頂被掀飛、玻璃窗被強風吹破的畫面，還有民眾因此被割傷。