針對中央畜產會辦理111年進口雞蛋一案，農業部表示，就監督機關立場已於今年3月主動啟動行政調查，調查結果發現，畜產會經費核銷皆有合法合規原始憑證，採買生鮮雞蛋不適用採購法，但畜產會在「冷藏倉儲租金和運費」未依採購法作業，因此農業部會向畜產會主動追回超過50%的補助款項。
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農業部表示，行政調查報告中指出，根據政府採購法規定，生鮮雞蛋並不適用採購法，但其中冷藏倉儲租金及運費，如未經過採購法程序，畜產會所獲補助不得超過採購金額半數以上，由於農業部在行政調查過程發現畜產會111年辦理雞蛋進口之冷藏倉儲租金和運費未依採購法辦理，屬於行政疏失，因此農業部會向畜產會主動追回超過50%的補助款項。
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農業部指出，111年雞蛋緊急調度與產銷調節計畫中冷藏倉儲租金和運費原核定金額共約1,460萬元，但實際核銷金額約723萬元，因此會向畜產會追回超過50%補助款項，共368.8萬元。
農業部強調，經過行政調查，111年畜產會進口雞蛋之經費核銷確實有合法合規原始憑證，畜產會採購生鮮雞蛋並不適用採購法，但冷藏倉儲租金和運費的採購程序確有發現行政疏失，農業部除了追回補助款項，也已將行政調查報告函請台北地檢署調查。