有媒體報導指出，行政院長卓榮泰上任後，有民進黨立委認為與各部會橫向溝通有待加強，更私下形容是「外星人內閣」，民進黨立院黨團總召柯建銘甚至要經濟部長郭智輝別再發表核電議題「個人看法」，還在開會時，不滿金管會主委彭金隆先去拜訪藍白立委，作勢要他出會場。對此，柯建銘駁斥傳聞，指相關報導不實，並稱此事沒有人來查證。
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針對傳聞，柯建銘今受訪時嚴正駁斥，指從前總統陳水扁、蔡英文時期到目前為止，都有完善機制，府院黨跟黨團像車子的四個輪子，也有會前會、政策小組會議、重大議題協調會報等等很多會報，運作非常完善。
柯建銘說，相關報導不實、多所穿鑿附會，「尤其牽涉到本人，也沒有來查證」，他強調，不存在媒體所講的「外星人」的說法。