0403地震迄今餘震不斷，雖然台南市未傳出重大災情，仍有部分公共設施受損，為盡速修繕公共設施，恢復原有功能，市長黃偉哲第一時間先行動支自行編列之災準金，核定7,200萬元辦理災後復建及搶修險工程，由於地震造成月津國小毀損嚴重，經費達1.74億元，正積極向中央爭取中。
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▲0403地震造成月津國小毀損嚴重，經費達1.74億元，正積極向中央爭取中。（圖／台南市政府提供） 黃偉哲表示，市府每年均編列災害準備金預為因應災害發生後所需復建工作支應，任內更投入超過63億元災準金，自0403地震發生後隨即要求市府團隊立即辦理公共設施巡檢，盡速勘察災損情形，並提報災後復建工程審議，核定後即動支市府災害準備金辦理。根據統計0403地震復原總經費將近2.46億元，各機關正以最快的速度執行災後復建工程，順利讓復建工程如期如質完成。
秘書長兼災防辦主任方進呈指出，這次災損案件多為學校建物、排水護岸與農路等設施毀損，市府團隊運用行政院工程會「公共工程雲端服務網」整合「災後復建工程經費審議及執行資訊系統」進行提報審查，以最快的速度完成行政作業並核定，充分展現積極與效率。
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災防辦執行秘書王雅禾強調，臺南市政府不但依照中央復建工程提報規定，並自行訂定「臺南市政府辦理天然災害緊急搶救及復建工程作業要點」來加速府內各主管機關與區公所全面性初勘及審查復建工程作業，能快速並兼顧復建工程品質，市府並全程管考進度讓各項災後復建工程能盡速完工。
這次0403震災及後續餘震，建物毀損以鹽水區月津國小最為嚴重，月津國小南棟整棟重建經費9,600萬元及中棟整棟重建經費7,800萬元災害復建工程，經評估後已張貼危樓紅單禁止使用，合計共1.74億元，因經費龐大，目前持續向中央爭取重建經費。