媒體日前報導，總統蔡英文將在卸任前特赦前總統陳水扁，不過，因為內閣已於今（16）日總辭，這幾天進入看守狀態，不再處理重大政策，因此行政院及法務部無法完成特赦後續程序。
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犯下龍潭購地等案遭判刑20年的陳水扁，入獄6年多後因罹患失智等疾病，2015年獲准保外就醫，為了解決相關爭議，有媒體報導，蔡英文已決定520卸任前特赦陳水扁，並由幕僚單位啟動特赦作業，研議相關配套措施。
不過，行政院長陳建仁今天主持任內最後一次行政院院會，接著帶領內閣總辭；據悉，在內閣總辭案提出後，行政院將不再決定重大政策，進入最後幾天的看守期，只處理例行性事務，而陳建仁明天也將赴嘉義阿里身出席活動、視察車站。
另方面，據《赦免法》第六條及第七條，「總統得命令行政院轉令主管部為大赦、特赦、減刑、復權之研議。」、「經總統命令特赦、減刑或復權者，由主管部發給證明於受赦免人」，因此，特赦乃政治性措施，進入看守階段的內閣已不再處理重大政策。
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對此，總統府發言人林聿禪回應，實際上相關程序都必須依法進行，並且也無此決定，府最關切的是持續確保陳前總統獲得妥善的健康照顧。
針對特赦議題，法務部次長黃謀信今受訪時也說，法務部到目前為止，都還沒收到正式來自於行政院令轉有關特赦的相關研議公文。