根據媒體今（14）日報導，林飛帆確定出任國安會副秘書長，然而昨（13）日前立委郭正亮就示警，若國安會正副祕書長確定由吳釗燮、林飛帆出任，恐怕會造成賴清德的情報決策不完整。
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郭正亮昨日在政論節目表示，吳釗燮擔任國安會秘書長，會不會提供給賴清德的都只有美國的情報，或是歐洲、日本、韓國的反中情報，如果讓賴清德覺得世界就是這樣，起不是很糟糕？若副秘書長由林飛帆出任，說不定林飛帆黨派意識很強烈，報上去的情報都是對國民黨很不利的。
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郭正亮指出，另一件事也必須與國安會人事任命一起看，就是「民進黨在立法院陷入16連敗」，這代表準總統賴清德520就任前便面臨僵局，賴清德要證明他有能力解決跟國民黨這個僵局，才會有人相信他有能力去解決更難的兩岸僵局，因為美國也在觀察他的本事；然而新任的國安會秘書長是吳釗燮，副秘書長則可能由前太陽花學運領袖林飛帆出任，會不會造成賴清德的情報決策判斷不完整，這兩件事情是有關連的，如果處理不好立院僵局，結果就是台灣完蛋。
郭正亮直言，國安會最重要就是要監聽你要讓總統有完整、正確的情報，讓總統做決策的判斷，「這兩個事情，是有關的」，一方面是面對這種僵局，要不要釋出善意？國民黨跟共產黨沒理由要信任賴清德，更何況民進黨立院沒過半、你自己也沒過半，如果沒有處理好這個事情，賴清德以後是很難做的。