全國教師工會總聯合會（全教總）檢視教育部預告之「國民小學及國民中學校長不適任事實調查處理辦法（草案）」後，認為從其立法思維到相關法律體系的整合，仍存在多項缺失，且針對不適任的中小學校長，處分上依各主管機關之好惡決定一切，因此今（3）日嚴正譴責教育部「行政怠惰 形同包庇不適任校長」，要求盡快建立退場機制，對此，教育部稱過往校長不適任事件，未有一致性的調查處理機制，現經15次會議研商，將明定校長不適任事件審議機制及審議會組成方式、完善校長不適任事件檢舉及終局實體處理等受理機制完善。
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全教總草案後，認為有《教育人員任用條例》不適任事實樣態未能與時俱進同步修正、法定解聘或不續聘情事之不適任校長不應回任教師之缺失，認為目前的立法思維僅是遷就現況、方便主管機關之實務操作。同時也提出高級中等學校不適任校長處理機制應該一體適用建議，更針對教育部延宕《國民教育法》要求，遲未建構完整的不適任校長處理機制，這樣的行政怠惰全教總予以強烈譴責。
對此，教育部回應，新訂定之「國民小學及國民中學校長不適任事實調查處理辦法」，預計於113年5月10日發布。研訂過程中分別邀集校長團體、教師團體、家長團體、專家學者及22縣市主管機關歷經15次會議研商，立法重點為一、明定校長不適任事件審議機制及審議會組成方式，明定主管機關應組成校長事件審議會，其組成委員包括主管機關、校長協會、教師會、家長團體、私立學校等代表及法律或教育專家學者，確保公平、公正審議相關事件；二、完善校長不適任事件檢舉及受理機制，若校長疑似涉有不適任事實時，屬外界高度關切事件，為加快處理程序，於校長事件審議會下設5人審查小組，審查是否受理各檢舉案件。其程序為主管機關接獲檢舉或知悉違法事件後，應於二個工作日內交由審查小組開始審查。另為避免造成行政資源浪費，或動輒對校長發動調查致影響職務尊嚴，辦法中也明定主管機關不予受理檢舉之樣態。
第三是完善校長不適任事件調查機制，教育部表示，為保障學校師生及校長權益，除涉及性別事件由主管機關依性平法調查、處理外，主管機關應組成3至5人之調查小組，就校長不適任事件予以調查，另私立學校校長倘疑似有不適任情形，由學校法人依私校法辦理，法人未辦理或未依法辦理時，主管機關再進行調查。為確保調查小組之專業、公正性，小組委員須自校長事件審議會調查人才庫遴選該校長服務學校以外的專家學者擔任，其中至少應有1名法律專家。進行事件調查時，調查小組應保障校長陳述意見機會，並應邀請同一教育階段類型學校或全國校長協會之代表陳述意見。
本辦法另規範校長於接受調查時，主管機關認有必要時，得由校長請假，或將其暫時調至主管機關或所屬機關（構）支援業務；此外，校長倘依刑事訴訟程序被通緝或羈押、刑事確定判決受褫奪公權之宣告或受徒刑之宣告在監所執行中，主管機關應依公務員懲戒法第4條，予以當然停止職務；另倘校長涉及性別事件，則就個案情形，依性別平等教育法第35條或性別平等工作法第32條之3，予以停止職務，接受調查。
最後也明定校長不適任事件之終局實體處理，本辦法依照教育人員任用條例、國教法等規定，主管機關應依其不適任情形嚴重程度作成終局處理，處置類型為
1.倘涉及消極資格者，除解除其職務，並不予回任教師外，應併審酌案件情節，管制其終身或1年至4年不得聘任為教育人員。
2.未達前開解除職務之不適任情形者，主管機關應依其個案情形，作成回任教師、改任其他職務或為其他適當之處理。
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3.調查後，如未達前開情形，而有移送校長考核會之必要者，應以考核方式辦理。
教育部表示，本辦法預計於113年5月10日發布，高級中等學校校長並得準用本辦法循相同機制處理，透過建置完善受理、調查、審議機制，公平、公正、勿枉勿縱，以保障學校校務穩定推動及校長權益，讓整體國民教育環境更加健全與完備。