台灣高鐵自2007年1月5日起試營運，同年11月12日推出自由座服務，讓旅客有更多彈性選擇，但近年來隨著搭乘人數增加，少部分自由座旅客違規行為也引發議論。
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台灣高鐵在2007年11月12日推出自由座服務，提供當日搭乘車次不確定的旅客，可於車站現場隨到隨買隨搭的彈性，也因此不提供預購服務，旅客僅能在搭乘當日在車站內購票，不想排隊的民眾，也可以透過手機「T-EX行動購票」App，開啟藍牙在出發站大廳內，就可立刻購票付款搭乘。
自由座會因應各時段、車次的旅運需求，民眾到自由座車廂內應自行找空位搭乘，無空位時應暫時站立於車廂走道上。只是偶有民眾傳出佔位、甚至佔用對號座座位導致糾紛。
像是3月17日，高鐵567車次深夜22:50從南港發車，南下終點站台中，隨車人員發現，有持自由座車票的旅客，占用對號座位，因此勸導離開，不過男子不聽勸，甚至還想搶奪保全裝備，沒想到保全身手矯捷，先用手肘撞擊男子，再用大外割，將他壓制在地，男子起身後不斷對著高鐵人員鞠躬道歉。
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在超尖峰時段，高鐵會開放對號座車廂走道供自由座旅客站立，這引發對號座旅客不滿，直言「高鐵台鐵化」。對此，高鐵也解釋，僅疏運、假日等超尖峰時段開放才會開放，自由座旅客也不可因此占用對號座座位，這是為了必須快速運送大量人潮的疏運措施，還望旅客見諒。
根據《NOWnews今日新聞》記者觀察，高鐵列車會廣播不可佔用對號座座位，此外，列車長也會巡視車廂，若有發生座位糾紛，通報列車長後也會迅速解決問題。