日本小林製藥紅麴風暴席捲台日兩地，也引發了人們對健康食品的恐慌與疑慮。日本消費者開始避免購買膳食補充劑和其他所謂的功能性食品，據統計顯示，包括飲料在內的功能性食品銷量下降了11%。
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根據《日經亞洲》報導，由於小林製藥紅麴風暴席捲，日本消費者對於膳食補充劑和其他所謂的功能性食品的信任日益減少，儘管其他廠商拚命向顧客保證他們產品安全性，但要恢復消費者的信任並不容易，特別是考慮到日本缺乏嚴格措施，確保該類補充劑的實用安全。
小林製藥紅麴健康產品因混入軟毛青黴酸，使得多人吃完出現腎臟方面疾病等問題，目前已有5人死亡、100多人住院。日本消費者廳要求1700類似產品的製造商在19號以前回覆，是否有接獲消費者健康問題的情況，以及是否有收集此類數據的系統。
有鑒於消費者對於服用任何功能性食品的擔憂日益增加，據統計顯示，日本的功能性食品（包含飲料）的銷售額，在4月1日當周，比起去年同期下降了11%，此後跌幅一直維持在10%左右。
一名消費者吉田麻衣（音譯）表示，「我以前經常購買具有功能性的食品，但現在我有點擔心，最近就沒有買了。」
整個產業都被這起風暴影響，化妝品和補充劑生產商Fancl表示，公司主要的降膽固醇補充劑取消訂閱的人數增加10倍，儘管產品並不含紅麴成分。為了讓消費者放心，Fancl開始在商店銷售區張貼訊息，強調其產品的品質和安全，該公司的線上購物頁面也聲明著補充劑是安全的。
在小林製藥風暴之後，DHC也收到了約1萬2000件詢問，而實體店內可以看到銷售人員正發著傳單，強調其產品的安全性。朝日集團食品公司 （Asahi Group Foods）指出，旗下Dear-Natura品牌的補充系列，已發生許多網購訂單被取消。
日本直銷協會發言人表示，「功能性」食品補充劑的銷售額恐會下滑20%至30%。該協會的成員，包括功能性的食品製造商。
研究公司Fuji Keizai報告指出，日本功能性食品市場2023年預計將成長19%，達到6865億日圓，預計到2026年將達到7770億日圓。
日本功能性食品在2015年時推出了低成本替代品，不像「特定保健用途食品」需要受嚴格政府審查，目的是為了讓小公司更容易提供增值食品，只需要提交功效證據即可。
但與藥品不同，這些有著功能性標籤的食品不需要被日本生產規範法規管理，意味著製造方法、成分或濃度以及產品形式（如藥丸或膠囊）等事項都不會被監督。
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與日本不同，在美國食品補充劑有獨立的監管框架，需要遵守生產和質量控制標準，歐盟和東南亞國家的規定更為嚴格。
日本健康食品規格協會（JIHFS）會長池田秀子表示，在其他一些國家，製造商被要求必須迅速報告問題，而在這方面，日本明顯落後。