國內日前爆出蘇丹紅辣椒粉食安風暴，民眾黨立委黃國昌表示，衛福部對外宣稱去年12月11日後就針對蘇丹紅採取100%逐批查驗，卻仍有4批毒粉流入後市場，經追查衛福部才坦承，4批毒粉當中，有2批的檢驗項目是「農藥殘留」，另外2批則是依規定將查驗方式改採加強抽批查驗，「顯然，衛福部對外宣稱的100%逐批查驗，並非事實。」
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黃國昌10日在臉書發文指出，蘇丹紅系統性食安風暴發生後，他不斷要求衛福部應該公布毒粉的進口日期，才能知道是哪一個環節出了狀況；在衛福部公布進口日期後，卻發現衛福部對外宣稱去年12月11日後就針對蘇丹紅採取100%逐批查驗後，仍有4批毒粉流入後市場，究竟為何發生此種情形？
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黃國昌表示，經追查衛福部才在回函中坦承，這4批毒粉當中，有2批的檢驗項目是「農藥殘留」，另外2批則是因為「連續五批逐批查驗檢驗符合規定，依《食品及相關產品輸入查驗辦法》第10條第1項第2款規定，查驗方式改採加強抽批查驗」。他直言，顯然衛福部對外宣稱的100%逐批查驗，並非事實。
黃國昌說，然而，令他感到詫異的是，這些重要的資訊，從未在衛福部的新聞稿抑或是衛福部提交給立法院的報告中呈現，直到他提出質詢後，才向社會公開說明。針對此一情形，衛福部長薛瑞元在備詢時公開致歉表示是因為指令不夠明確所致，並強調如果是像蘇丹紅這樣嚴重的系統性食安問題，不應該降級改採加強抽批查驗。「薛部長展現出認錯的態度值得肯定，然而，我也提醒部長，一定要釐清為何會出現這樣嚴重的錯誤，並且絕對不能再犯。」