台灣3日上午約7時58分發生規模7.2地震，各地災情慘重，日本沖繩縣也有多處觀測到震度4，且宮古島、沖繩本島都一度發出海嘯警報。受到地震影響，沖繩縣高速公路封閉，那霸機場也停止起降，自衛隊及海上自衛隊更出動軍機升空確認災情。不過也有居住在沖繩的日本網友透露，沖繩本島「一點也不搖晃」，大部分人恐怕根本沒注意到海嘯警報，或者以為是演習。
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綜合日媒報導，台灣3日早上發生地震，日本沖繩縣宮古島八重山地區以及沖繩本島在第一時間也發出了海嘯警報，包括與那國島、宮古島都觀測到30公分高的海浪，石垣島也觀測到了20公分高的海浪。不過在當地時間早上10點40分（台灣時間早上9點40分）時，日本氣象廳將海嘯警報降級成「海嘯注意報」，並在中午左右解除所有海嘯警報。
在地震發生之後，國土交通省那霸機場事務所表示，因發布了海嘯警報，當地時間上午9時25分起（台灣時間8時25分）全面停止民航機的起降。而待在機場內的旅客、職員以及飛行員則暫時前往機場3樓以上安全的場所避難。
不過隨著海嘯警報解除，那霸機場進行跑道檢查，確認無虞後，便於當地時間上午10點53分（台灣時間上午9點53分）重新啟用，並於中午12點44分（台灣時間上午11點44分）開始恢復客機起降。
全日空已取消從那霸機場、新石垣機場和宮古機場出發的共13個航班。也有部分航班不得不折返回出發機場，或是改降落於其他機場的航班，導致有多達2630名旅客受到影響。
另據防衛省消息，位於沖繩縣恩納村的航空自衛隊恩納分屯基地，接收了約30名前往避難的居民，宮古島市的自衛隊設施也有收容數人。
在海嘯警報發出後，日本政府也已經在當地時間早上9點01分於首相官邸危機管理中心開設聯絡室。日本首相岸田文雄在會見印尼下任總理後返回辦公室，並聽取海嘯等災害相關報告。後續日本官房長官林芳正也抵達了危機管理中心，並且在記者會上說明受災情況。
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