2004年總統大選前夕，台灣發生「三一九槍擊案」，當時競選連任的總統副總統陳水扁、呂秀蓮，在台南掃街時雙雙中槍，還好兩人都平安無事，最後並以不到3萬票驚險勝選。事發迄今20年，呂秀蓮認為當年真相未明，要求準總統賴清德與新國會重啟調查。
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呂秀蓮今發聲明說，2004年發生於台南市的319槍擊案轉眼已20年，在台灣重大刑案若涉及政治因素從未宣告破案，致使真相石沉大海，真兇逍遙法外，包括林家滅門血案、陳文成命案、劉邦友公館血案以及319槍擊案等，成為台灣司法正義的最大反諷，也造成藍綠對立，撕裂台灣。
呂秀蓮提出5大質疑，首先，3月18日國安局南部聯絡小組康組長即接獲危安情資，呈報國安局及台南市警察局，為何未預作維安處理？台南市警局、國安局特勤中心、尤其總統侍衛長匪夷所思的臨場反應，為何未作懲處，事後卻受獎賞陞遷？總統府秘書長在記者會面露神秘的微笑，並宣布「國安機制啟動」，為什麼？
對於第二個質疑，呂秀蓮指出，當天陳水扁與呂秀蓮2人均中彈，她第一時間承受銅質子彈，感覺「很重」、「很痛」，子彈射穿擋風玻璃，打在她的右膝蓋；陳、呂2人中彈，子彈不同，傷勢也不同，合理推論應是2彈、2槍、2兇手，但時任刑事局長侯友宜卻在3月20日投票日後即鐵口斷定「一槍兩彈」，排除凶手2人，為什麼？
第三個質疑則是關於槍手，呂秀蓮說，3月28日台南安平港被發現的陳義雄屍體，身上被魚網綑綁，他的姐夫是80高齡的前國民黨特工，供稱陳義雄託他買槍過程，但遍查各處始終找不到槍彈，撈遍魚塭及安平港一無所獲，陳義雄的存款帳戶也無可疑支出，「陳義雄是319的真兇嗎？如果不是，為何被殺人滅口？」
第四，呂秀蓮說，當時最高檢查署重金禮聘旅美鑑識專家李昌鈺，李帶美國團隊用鐳射光束在案發現場尋找「槍擊熱區」那一幕，迷倒也騙倒全台灣，根據他的勘驗，吉普車玻離彈孔離地147公分，而自己當天坐的高腳椅離地140公分，因此鐳射呈現「由上而下」的槍擊熱區，問題是子彈並非打在高腳椅，中彈的是她的右膝蓋，因此140公分至少要再加上15至20公分，應該拉出155至160公分，「由下而上」的槍擊熱區才是。
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第五個質疑，呂秀蓮表示，陳義雄絕非單獨犯案，本案絕非「兩彈一槍一人」，而是「兩人兩槍兩彈」，真兇是誰？誰在掩護真兇？2000年日本出版一本《暗殺陳水扁》的小說，書中虛構中國透過哈馬斯組織在大選期間，特派一位女性扁迷獻花給阿扁，花束中藏有爆裂物，但美國CIA先已掌握情資，特派一位以色列籍特工先將哈瑪斯槍手擊殺，「這本書與319槍擊案有何關聯？是否啟發有心人士？」
呂秀蓮說，當年他因「奇蹟」而未當場斃命，但對案發迄今藍綠歷任總統的不聞不問，尤其監察院國家人權委員會的專案小組，在她親往陳情3年之後無聲無息，更表失望，他呼籲賴清德、監察院長陳菊等人，重辦319槍擊案，使真相大白，真兇接受國法制裁。