多位民進黨立委昨（16）日抗議立法院長韓國瑜沒收立委質詢權，不過，有人質疑，韓國瑜完全遵照議事規則，是預計要質詢的委員遲到。對此，洪申翰還原事發經過，怒斥他的總質詢被沒收，藍營真的少在那邊帶風向，說他「遲到」，「這些胡扯的假訊息，掩飾不了韓院長的處置應變失當！」
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立法院會昨天繼續進行施政總質詢，下午議程2時30分開會，輪到第一位質詢的民進黨立委陳亭妃改成書面質詢，因議事處未通知、韓國瑜未喊休息，因而使後續要質詢的立委趕不急到場。
對此，洪申翰表示，他昨天下午原定3時做經濟組的總質詢，從12時前，他就在立院的研究室內做總質詢的準備，從沒離開，這過程中，關於立委陳亭妃或是羅明才的總質詢，有經歷哪些更動，他並沒有獲得告知，「藍營網路部隊現在在帶風向，說是我『遲到』，這真的太可笑了！」
洪申翰說明，議事處告知，他預計下午3時總質詢，而他在下午2時36分進到議場，「抱歉，我不是遲到，我是早到」，「但韓院長卻在2時34分把我的名字念過去，也就是把我的總質詢跳過去，居然還要污衊我遲到？」
洪申翰提到，面對突發狀況，一個有議事主持能力的院長，是有很多應變的做法的，而綠委也給他三項具體可行建議，第一、韓國瑜可以在第一位委員沒到時，先休息5到10分鐘，就不會引發這樣荒謬的骨牌效應，但韓沒有這樣做。
第二、洪申翰續指，秘書長周萬來有說，他有建議韓國瑜可以晚個幾分鐘，再開始下午的院會總質詢，如此，也可避免委員總質詢都被跳過，但韓沒有採納。
最後，洪申翰說，韓國瑜念完下午最後一位委員名字前，其實他、立委邱志偉和賴惠員已經到現場，到主席台前向韓國瑜提出先休息，阻止下午所有委員都被跳過的狀況發生，但韓也不理；他直言，韓國瑜是可以有很多不違反議事規則的應變做法，可以不讓這個荒謬情境這樣發生的，但他都沒做。
洪申翰提到，在立法院每天都很多奇奇怪怪的事會發生，所以議長之所以重要，就是要靈活運用手上的議事權力，讓議事順利進行，保障各方的參與權益，這就是議長的職責，「我並不想多責怪基層的議事人員，因為擁有議事主持權力來做各種應變的，不是他們」。
不過，他也說，他並不會覺得韓國瑜是刻意惡整民進黨立委，但確實是因為韓國瑜議事主持的應變能力不足，也許是因為經驗不足；至於有網友認為，下午2時30分就是下午院會質詢開始時間，只要這個時間沒進議場，就是遲到，他認為，這是有心人，在利用一般人不了解立院運作的刻意扭曲，「這種指控很幼稚，只會顯得自己非常不了解國會運作而已」。
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洪申翰解釋，非質詢的開會，確實需要在會議開始時就出席會議，出席的委員們，才能在同個時空中，一起審議或議決議案，「若今天是非質詢的討論事項，你可以說我在會議開始時沒到場，這就是晚到或遲到，那我沒話說」。
洪申翰說，質詢的開會，是一個接著一個委員按順序排，讓輪到的委員跟行政部門的即問即答，這跟其他委員的關連度很低，所以通常，質詢的委員在自己質詢前的20分至30分鐘，到場預備上台就好，而不會要求所有委員都要同時到場。