中國「三無快艇」上月14日越界，在躲避我方海巡查緝時翻覆釀2死，兩岸協商未達共識，事件尚未停歇，國民黨立委陳玉珍今（12）日在立院質詢時，針對中國清淤船進入金門禁限制水域問題質詢指出，根據交通部2015年12月公告，運送客貨輪經過金門禁限制水域，進入中國地區廈門港，是被允許的。對此，海巡署發布新聞稿以3點澄清表示，「挖泥船適用兩岸條例，不適用2015年公告」。
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海洋委員會海巡署下午透過新聞稿指出，第一、依據「臺灣地區與大陸地區海運直航許可管理辦法」，運送客貨之船舶航經臺灣地區之金門、馬祖限制或禁止水域入出大陸地區直航港口，所經航路或航道，交通部得依實際需求，會同有關機關劃設公告，並刊登政府公報，船舶應依公告之航路或航道航行。
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第二，海巡署表示，交通部、國防部及本署依前揭規定，於104年7月31日會銜公告「運送客貨船舶航經金門限制或禁止水域入出大陸地區廈門港(劉五店港區)航道圖」，並律定航經金門限制或禁止水域入出大陸地區廈門港(劉五店港區)，須於抵報到線時，向金門港務電臺以極高頻無線電話報到經同意後，循指定航道航行。
最後，海巡署表示，查近期海巡署於金門海域偵獲陸方挖泥船非屬客、貨船，亦未依相關規定，事先向航政機關申請專案許可，經海巡署逕依「臺灣地區與大陸地區人民關係條例」執行驅離等措施，相關作為均符合法令規範，特此澄清。