前彰化縣長卓伯源胞弟卓伯仲12年前擔任國民黨總統候選人馬英九、吳敦義的彰化競選總部執行總幹事時，涉侵占競選經費1800萬餘元，最高法院依《商業會計法》填製不實罪，判處卓2年10月定讞，確定要入獄。
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判決指出，中華民國第13任總統、副總統選舉期間，卓伯仲擔任候選人馬英九、吳敦義彰化縣競選總部執行總幹事，負責保管輔選性質的相關費用，卻涉挪用輔選經費1000萬元協助友人公司周轉，並佯印製文宣以不實發票核銷800萬餘元，總計侵占1800萬餘元。
台中高分院更二審考量，卓男具有博士學歷，卻利用民主制度的包裝及支持者的熱情捐輸，以黨庫通家庫的方式恣意行事，逃避應受政治獻金法規範之監督義務，犯罪後否認犯行，態度不佳，判處有期徒刑2年10月，他不服提上訴，最高法院駁回確定。