陳水扁總統第二任期涉入國務機要費案，家人與親信也涉入貪腐醜聞。2006年8月中旬，前民進黨施明德以抗議陳水扁貪腐的名義，發起倒扁運動，在台北市以總統府為圓心，在凱道與台北車站周邊，發動包圍陳水扁的示威運動，試圖逼迫陳水扁辭職下台。參加倒扁運動的群眾身穿紅衣，表達對陳水扁政府貪腐的憤怒，因而稱為「紅衫軍運動」。
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儘管民進黨質疑施明德發動倒扁運動，與北京幕後操括有關，但仍擋不住民眾對陳水扁貪腐的不滿。百萬人倒扁運動原本預估10天內募款100萬元，但仍在10天內獲得130萬人募款，總金額高達1.1億元。
2006年9月9日，反貪倒扁行動登場，民眾集結於總統府前的凱達格蘭大道進行靜坐。示威群眾並在凱道上升起了分別寫上禮、義、廉、恥四個大字的氣球，提醒世人陳水扁不知禮義，且寡廉鮮恥。
2006年9月15日，倒扁活動撤離凱達格蘭大道的同時，倒扁總部發動「螢光圍城」遊行，北市警局預估有36萬人參加。2006年9月29日，倒扁總部發起遍地開花運動，由倒扁總指揮施明德率隊啟程出發，前往外縣市活動。
2006年10月10日雙十國慶，抗議陳水扁的「天下圍攻」運動登場，國民黨立委於總統致詞時，在觀禮台上高呼倒扁口號及比劃倒扁手勢，因而與民進黨立委發生肢體衝突。而親民黨主席宋楚瑜則穿著紅西裝，帶領親民黨立委於典禮中途退席。場外紅衫軍阻擾憲兵車隊入場外，更拍打外賓車輛車窗。由於「天下圍攻」運動未事先申請，總統府譴責不僅傷害國家形象，同時對與會外賓相當不敬。
2006年雙十國慶時，倒扁運動人數達到最大值，總部預估超過150萬人參加。2006年10月11日，民進黨在中常會上提出「倒扁總部十大貪腐名單」，諷刺倒扁總部對反貪腐採雙重標準，施明德則反譏民進黨模糊焦點。
隨著國務機要費案轉由司法偵辦，倒扁運動總部希望民眾暫時回歸正常生活。但施明德仍在2006年12月5日，宣佈自囚直至總統陳水扁下台、或卸任為止。2007年4月1日，施明德宣佈結束「自囚」。
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