2023年進入尾聲，但近期超過40個國家地區檢出新冠肺炎新變異株「JN.1」，台灣在10月20日就有自日本境外移入的個案、陸續也有零星檢出。有醫師擔憂，JN.1可能會導致相關病例數攀升，對此，衛福部長薛瑞元表示，天氣變冷，許多病毒活動力較強、散佈速度較快，呼籲民眾儘速接種疫苗。
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衛福部疾管署先前預估，新冠肺炎高峰時間將略有延後為1月中、1月底前後，實際單日感染人數落在約2.2萬到2.4萬；流感方面，歷年會在10月到隔年2月期間達到高峰，但今（2023）年流感疫情始終沒有探底、維持在中低度流行，是否出現反轉有待觀察，但目前預估春節前後達到高峰。
然而，近期新冠肺炎新變異株「JN.1」在多個國家地區檢出，且有醫師擔憂，其免疫逃脫能力可能會帶來新一波的個案增加。
對此，薛瑞元今（19）日上午出席「虛擬健保卡數位創新應用 標竿學習與前瞻分享會」，會前接受媒體聯訪表示，JN.1屬於BA.2.86的變異株，本身並沒有明顯導致重症比例增加的情況，目前認為與其他變異株性質沒有特別不一樣。
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至於JN.1明（2024）年是否會帶來新一波疫情流行？薛瑞元表示，目前天氣變冷，許多病毒活動力也比較強、散佈比較快，各類呼吸道感染個案數都可能會增加，對於JN.1，現在提供給民眾接種的XBB疫苗仍然有效果，呼籲還沒打疫苗的民眾，務必儘速前往接種疫苗。
此外，薛瑞元也提到，對於自中國與相關地區返台、有發燒等症狀的邊境篩檢措施仍會持續，也希望各類保護措施可以讓大家至少平安到過年、不要有什麼疑慮。