南鐵地下化工程正如火如荼進行，有民眾憂心忡忡地表示，在阻斷德慶溪水脈後，造成地下化四處竄流，後果已逐漸顯現，並點出5個滲水點可能都跟南鐵施工有關，比如東門路橋地下道，積水長達兩個月，但東區區長顏能通獲報後指示經建課長黃啟前往現場勘查，目前積水僅剩1公分，現場備有抽水馬達不斷抽水中。
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一個關心台南文化和地方建設的網站「台南文化守護行動聯盟」表示，南鐵地下化進入後南鐵時代，真正的問題才剛要顯現。台南東區的水，在 11月底同時發生多點出水，溢出在柏油路上，造成土質沖刷下陷，在東區復興國中虎尾寮的水管破裂有的夾雜天然氣管路在旁，令人堪憂高雄氣爆事件重演。
民眾表示，南北向南鐵地下工程施工，可能阻斷東西向的水路，比如德慶溪的水，造成東區水路被擾動之後，更動河道引流，地下水四處亂竄，不少地方土質鬆軟流失產生裂痕，在柏油路上凸起或是下陷，容易壓到水管路面出水，大量掏空，容易造成大面積坍塌。
網民表示，台南鐵路地下化工程在阻斷連續壁深達7、8層樓，施工長達 8.23公里，近一年開始有大型圓型鐵蓋工程遍佈後火車站大學路、勝利路、林森路、育樂街、自由路，但最棘手的是豐沛水脈該如何引流的問題。
「台南文化守護行動盟」將鐵路以東民眾上傳的滲水區域統計後列出5 處：東區虎尾寮裕忠路與裕文路、東區青年路轉前鋒路段、南一中門口育樂街路段、東區新樓街統超對面右側巷子出水兩週、東門路東門陸橋下機車道連續出水近兩個月，有如游泳池，目前仍持續出水中。
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鐵路局南工處回應: 原先東門陸橋下機車道的地下水位就高，加上地下機車道內會滲水，原來就設有抽水站，將強降雨流入機車地下道及地下滲水排出，以利通行。鐵路地下化施工施作連續壁後，阻擋了地下水，所以往地下道滲出，施工單位有定期派人抽水，現地下水壓已穩定，不但減少很多，且幾乎是乾的。
▲今天東區公所前往會勘，積水消退，只剩一公分（圖／記者劉悅儷攝，2023,12,11） 昨天東區公所獲報後會同顧問公司現場會勘，證明東門地下機車道積水已退，目前約僅1公分高而已，且抽水機持續在抽水中。其它幾個滲水處不見得跟鐵路地下化有關，目前也都已處理完畢。