台北市衛生局近期宣布，將從2024年起，開放國中男性公費接種HPV（人類乳突病毒）9價疫苗、成為六都第一個國中男女都打HPV疫苗的縣市，但衛福部國健署認為，台灣國中女性HPV疫苗接種率2022年才初次達到9成，需數年觀察並維持成果，加上相關癌症監測數據與國外有差異，需操考更多國際實證後，再考慮是否擴大。
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HPV型別眾多，其中不乏高致癌性的種類，而美國研究發現，7成以上的口咽部相關癌症與HPV感染有關，且男性的口咽癌發生率已超越同樣與HPV相關的女性子宮頸癌。即使不菸、不酒、不吃檳榔，也完全保持安全性行為，仍有可能通過器皿接觸等途徑惹病毒上身。
為防治男性HPV感染相關口咽癌發生，北市衛生局表示，目前台北市2021年國中女生HPV疫苗接種率達91%，為強化青少年健康，2024年將擴大對象提供112年度國中男生公費9價HPV疫苗，透過校園設站，提升群體免疫力。
對於台北市擴大HPV疫苗接種對象，國健署長吳昭軍表示，台灣自2017年起執行國中女生HPV疫苗公費接種政策、藉此降低子宮頸癌發生率，目前也將維持這樣的做法，暫不跟進台北市衛生局男女學生都打的措施。
吳昭軍解釋，世界衛生組織（WHO）為在2030年消除子宮頸癌，提出「90-70-90」的目標，即「90%的女性在15歲之前接種完成HPV疫苗」、「70%女性至少在35歲和45歲之前接受過兩次精準篩檢」、「90%的確診女性應獲得治療等目標」等。
目前台灣現況來說，吳昭軍表示，在2022年改為提供9價疫苗後，110年度入學的國中女生接種率才首度達到90％，還需要觀察接種趨勢一段時間，也希望把女生的接種率先維持好，之後再考慮是否擴大。
國健署癌症防治組長林莉茹接受《NOWnews今日新聞》電訪時則表示，WHO目前仍認為HPV疫苗的主要目的是防治女性子宮頸，且該組織經評估指出，就子宮頸癌防治方面，只提供女性HPV疫苗的成本效益、較男女都打的成本效益來得高。
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至於通過HPV疫苗接種減少男性口咽癌方面，林莉茹說，雖美國研究顯示，男性口咽癌患者有7成為HPV感染者，但依據台灣癌症登記資料，僅有2成男性口咽癌患者為HPV感染者，且口腔癌主要還是跟菸、檳榔等有關，。
因此，林莉如表示，就整體來看，女性可歸因爲HPV感染的癌症比例為8.6%、男性僅有0.8%，且台灣就口咽癌與HPV相關監測數據與國外略有差異，還需要持續注意相關國際實證資料，觀察未來有無變動，再行評估擴大的可能性。