《國家安全法》第二階段今（1）日施行，原本一審管轄的發展組織案件，即起要全部移交二審法院為第一審管轄，由專庭專股辦理，法務部表示，經盤點，全國目前有10個一、二審檢察機關正辦理29件發展組織案，其中27件繫屬一審，且有3人在押，因此即起移交第二審，由二審檢察官向二審法院聲請羈押。
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法務部考量，國安案件嚴重危害國家安全，且案件具有機敏性、專業性，故《國家安全法》第18條第1項規定，修改由高等法院為第一審管轄，第19條明定法院得設立專業法庭或指定專股辦理，藉由二審專責檢察官豐富辦案績驗，達成速偵、速審、速定罪、嚴懲不法之目的，維護國家安全。
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另考量現行國防軍事工程、財物或勞務採購實務，雖採購契約已明定限制中國產製，但仍屢發生廠商以中國製贗品交貨，為確保國防軍品及設施之安全，《國家安全法》第11條、第12條增訂「不得交付或提供陸製品或服務」、「不得交付或提供不實軍用武器、彈藥、作戰物資」等禁止及處罰規定，確保國防軍品及設施的安全。
法務部表示，正研擬銜接機制，國安專組無縫接軌，研擬增補國安專組檢察官人力及設備，二審國安專組檢察官將承擔重任、發揮所長，積極偵辦是類案件，遏止不法滲透勢力之猖獗，以確保國家長治久安，維護國人安全。