台南市鐵路地下化以專案特例提出提出各種補償方案照顧台南市民的居住需求，根據都發局統計，專案照顧住宅總戶數為366戶，符合申購規定的拆遷戶共有302戶，其中完成申購交屋有271戶，拆遷戶的申購率將近9成，台南市府也透過都市計畫規定的放寬，以照顧部分受拆戶繼續原地生活之意願與機會。
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台南市政府為兼顧執行中央政府核定國家型建設計畫之責任與維護市民居住權益，對於鐵路地下化建設受拆戶的居住問題，以專案特例提出「台南市鐵路地下化工程拆遷戶專案照顧住宅」方案，在徵收補償之外，再以成本價提供受拆戶申購照顧住宅。「台南專案照顧住宅」自2015年起動工、2017年完工，根據市府都發局統計，鐵路地下化專案照顧住宅總戶數為366戶，符合申購規定的拆遷戶共有302戶，其中完成申購交屋有271戶，2017年並以每坪平均單價10.5萬元的優惠價格開放拆遷戶申購，拆遷戶的申購率將近9成，市府的專案照顧住宅以先建後拆的方式，落實了受拆戶的居住照顧。
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此外，部分受拆戶如有賸餘土地及建築物，市府也透過都市計畫規定的放寬，可就地整建、原地新建（適度放寬建蔽率）、合併新建（適度補償容積）、簡易都更（適度獎勵容積），以照顧部分受拆戶繼續原地生活之意願與機會。
而在拆遷補償方面，為協助受拆戶爭取合法、最優之補償，市府亦積極協商交通部鐵道局參照中央公共建設補償標準，擇優發放建築改良物之拆遷救濟金、自動拆遷獎勵金，以提高鐵路地下化案建設之實質補償。台南市政府配合辦理相關地方溝通事項，經歷多年溝通，在用地範圍內私有土地3.57公頃中，截至徵收核准時，已以價購方式取得2.52公頃，同意比例70.59%，已獲得過半以上同意，所以市府與交通部鐵道局均以開放、溝通的方式辦理用地取得，確實保障民眾權益。