民眾黨總統參選人柯文哲主張台灣應改回內閣制，對此，民進黨參選人賴清德說，柯文哲所提出來的制度不是內閣制，是方便未來他們合作分配資源的制度，是為了選舉所提出的，不是為了國家長治久安所提出的制度。不過事實上，賴清德4年前在民進黨內總統初選時也曾主張，若當選總統，會結合朝野推動憲政改革，讓台灣成為「內閣制偏雙首長制」。
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賴清德當時說，台灣的總統直選恐怕無法取消，但民選總統要給與什麼權責，可以再討論，不過內閣制的精神一定要展現出來，一是行政院長任命一定要恢復經過立法院同意；二是由國會議員兼任部會首長。
賴清德說，2018年民進黨在地方選舉大敗，其中之一原因就是執政跟民意有落差。立委深入基層接觸民意，但只能藉由質詢，或是找部長來講，部長再交由下屬執行；部長面對立委也矮一截，沒辦法做事。此外，過去國民黨執政時人才庫很充裕，但到了前總統馬英九後期，已找不太到人願意當部長。
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賴清德說，台灣的中央政府體制，有嚴重的結構問題，總統可以透過各種方式指揮行政部門，卻不必受立法院監督，他在擔任行政院長時相當有感，因此他當選總統後，將啟動憲改。
不過賴清德近日接受專訪時則說，內閣制的確有其優點，但台灣的情況特殊，「我們是沒有辦法走百分之百的總統制，但是1996年開始的修憲所採取的雙首長制，其實是有它存在的道理」。