關於外傳台南市高端疫苗不進校園，台南市衛生局澄清，公費疫苗配送採「先到貨、先鋪貨、先使用」原則，接種疫苗之廠牌將依對象採隨機安排方式辦理，沒有特定廠牌疫苗不進校園之問題，若民眾有特定廠牌需求，可自行前往診所接種。
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衛生局指出，今年政府採購4廠牌疫苗皆符合我國衛生福利部食品藥物管理署查驗登記規定，且經其核准使用／進口，同時每批疫苗均經食品藥物管理署檢驗合格，在品質上有保障。
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流感疫苗則已有多年使用經驗，非活性流感疫苗在保護力與不良反應發生率上均無差異，民眾可接種任一符合仿單適用年齡之流感疫苗。配合公費疫苗配送採「先到貨、先鋪貨、先使用」原則，民眾接種疫苗之廠牌將依對象採「隨機」安排方式，故無法指定廠牌。
目前台南市獲分配之各種疫苗廠牌百分比為國光生物科技股份有限公司 /AdimFlu-S(QIS)“安定伏”裂解型四價流感疫苗51%、賽諾菲股份有限公司 /Vaxigrip Tetra菲流達四價流感疫苗28%、台灣東洋藥品工業股份有限公司 /FLUCELVAX QUAD輔流威適流感疫苗12%及高端疫苗生物製劑股份有限公司 /MVC FLU Quadrivalent pre-filled syringe injection高端四價流感疫苗9%，南市在疫苗廠牌的分配配合中央公費疫苗配送採「先到貨、先鋪貨、先使用」原則，且每批疫苗均經食品藥物管理署檢驗合格，在品質上均有保障，希望民眾儘速接種疫苗，確保安全。