國民黨立委馬文君捲入潛艦國造洩密案，從潛艦小組召集人黃曙光聲稱，「有立委一直在搞」、前海軍顧問郭璽爆料，馬將潛艦機敏資料交給韓國國安單位，再到近日週刊曝光馬文君在秘密會議拒簽保密協議，爭議不斷延燒，目前也已有3個檢察署分4案全力偵辦，《NOWnews今日新聞》整理馬文軍洩密案中的五大疑雲，提供給讀者檢視。
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拒絕簽保密協議？
有媒體踢爆，馬文君在2019年3月28日，外交及國防委員會邀請時任國防部長的嚴德發報告潛艦國造執行進度會議上，拒簽保密切結書，還遭註記「馬文君委員拒簽」，證據確鑿。
馬文君對此回應，不管立法院議事規則、國防部，只要出席保密會議，就是要負起保密責任，還稱簽名文件是機密文件，為何將這份機密文件流出來？如果這只是示意圖，那就是假訊息。日前還聲稱「只要是合理合法要求立委簽署的文件，都會配合簽署」。
會議進行時一直講PHS電話？
民進黨立委王定宇爆料，馬文君在機密會議中用PHS講電話，且某位海軍少將還站起來請馬文君不要講電話，當時不分藍綠委員也制止這件事。對此，馬文君回擊，王定宇在場嗎？更直指「王定宇說謊。」
把資料提供給韓國？
民進黨新北市立委參選人吳崢、政治評論員李正皓直指，馬文君將機密文件提供給韓國政府。對此，馬文君回應，這些資料國防部稱沒有機敏，且錄音檔內證明，就是郭璽與韓籍技協聯手設局，詐欺海軍、國防部，因此，自己才會請韓國政府協助調查。
把GL公司搞錯？
吳崢質疑馬文君，過去在立法院質詢時，把潛艦協力廠商「GL公司」造謠成「倫敦GL雜貨店」，對此，馬文君聲稱，秘密會議裡面，通常不會特別介紹有哪一些廠商，「如果有什麼樣的問題，其實他們說清楚，我覺得這個也沒有什麼很大的問題。」
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神秘辦公室藏盒子裝錢？
郭璽在節目中爆料，馬文君在立法院附近有個辦公室，這個辦公室正是馬文君用來接案、喬事的。對此，馬文君駁斥不可能，郭璽形容她的辦公室是橢圓形，其實是長型會議桌，呼籲郭璽應該把證據提出來，自己且已明確表態沒有外面辦公室，辦公室配置也一直一樣。