近期公費流感疫苗開打，但高端流感疫苗遭到家長排斥、不願意讓家中學生接種，陸續有縣市宣布，不讓高端流感疫苗進入校園、作為公費接種可能廠牌，對此衛福部長薛瑞元表示尊重，但也提醒各單位，不能有扣住任何一種廠牌、不配發施打的情況發生。
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高端公司因為新冠肺炎期間的疫苗爭議，今（2023）年採進口原液分裝方式製成的流感疫苗，雖名列公費流感之一，卻遭到學生家長排斥、對於高端流感疫苗的效力與安全性存疑，甚至出現拒打潮，台北市、台中市、台南市等宣布，不會讓高端疫苗進入學校公費施打。
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對於相關縣市拒絕讓高端流感疫苗進入校園公費接種一事，薛瑞元表示，相關調配尊重地方決定，但不可以有扣住任何一種廠牌疫苗、不向下分配的情事發生，中央也會持續監測相關疫苗接種進程，目前沒有任何縣市出現扣住疫苗不配發的情況。
至於部分地方政府決定自行採購流感疫苗一事，薛瑞元也表示尊重，並提到，如果今年中央採購的678萬劑流感疫苗打得差不多，署方還有開口合約可以繼續向廠商購買，但如果地方政府希望運用自己的經費採購，也是可以的。