近期教育部高教司核准慈濟大學增設藥學系，但中華民國藥師公會全聯會對此發出嚴正抗議。全聯會理事長黃金舜指出，目前台灣藥師已經供過於求，教育部作出相關決策時也完全沒有徵詢全聯會意見，繼續讓名額膨脹，恐造成流浪藥師問題。他也怒批，這次決策「我們被蒙在鼓裡，我們被霸王硬上弓！」
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黃金舜說明，通常3個醫師會配1名藥師，但依據目前規範，藥學系共有9個院校，招生總名額為1142人，醫學系招生限額則是1300人，其實總量上已經超出很多，而先進國家通常是每1萬人配8.6個藥師，但台灣每1萬人就有13個藥師，足見已是供過於求的狀態、台灣藥師已經發出哀號了。
此外，黃金舜指出，要設藥學等專業科系，除了硬體設備，還要有專業的師資，這次教育部未徵詢工會團體意見，就同意慈濟大學設立藥學系、讓該校系在9月進行招生工作，若以此為開端、廣設藥學系，那師資問題該如何處理？他也強調，公會不希望養成教育是沒有規範、沒有評鑑的。
黃金舜也提到，現行藥學系養成方面，公會也極度不滿，各學校學制不同，從4年制到6年制都有，但畢業後都是一樣的待遇，「我們（公會）也不知道教育部當初這樣規劃是什麼道理」，這次事件中，公會顯然就是被蒙在鼓裡、被霸王硬上弓。
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因此，民進黨立委吳思瑤於9月21日邀集藥師公會與教育部高教司與技職司、衛福部醫事司與食藥署，共同召開協調會議，教育部承諾往後如涉及增設藥學系所等藥學議題，將事先徵詢藥師公會表達意見。
公會指出，衛福部也承諾，於明年將發佈藥師人力調查報告；針對藥學教育改革，各方亦達成共識，同意設立藥學生員額協商平台，將於明年初開始討論訂定藥學教育品質檢視規範以汰劣擢優，並研議藥學生總額之實施。