進口蛋風波延燒近一個月，國民黨、民眾黨等在野陣營極力猛攻下，農業部長陳吉仲避免傷及執政黨選情，數度表達請辭之意，卻未受到首肯，直到17日媒體曝光後，在不到48小時內，戲碼大反轉，在臉書拋下「我決定請辭」一句話，讓「陳吉仲之亂」暫劃句點，也為雞蛋爭議設下停損點，避免將戰火燒到民進黨總統參選人賴清德身上、成功清理戰場。
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受全球禽流感影響，國內在去年底發生缺蛋危機，為解決缺蛋問題，農業部今年3月啟動專案進口雞蛋，卻衍生出是否圖利廠商、進口蛋保存期限等爭議，在野黨近來頻頻對相關議題窮追猛打，甚至喊出「票投民進黨，就是支持陳吉仲」，藉此攻擊民進黨。
陳吉仲「被請辭獲准」消息始於周日的媒體獨家報導，接著消息滿天飛，行政院在第一時間先稱目前沒有回應，隔了幾個小時才坦承陳請辭、獲慰留一事，能看得出行政院在第一時間陷入「矛盾」，畢竟請辭為真，准辭為假，但一旦坦承，必須考量後續所衍生的政治效應；事實上，從政治考量上來看，陳吉仲請辭消息攤開檯面上後，走或不走，黨內都有人反對，但消息如同列車往前、無法回頭般，已無法回去，「留下來變成對在野黨有利、能持續打相關議題」。
此外，在相關消息反覆來回下，更會傷及民進黨、雞蛋議題也會難澄清，必須等到時間過了，相關清白才能隨之浮現，也因此，縱使府院黨認同陳吉仲在處理雞蛋議題及農業業務上的表現，卻也認清，該議題早已有理說不清，從民生議題演變成選舉攻防，陳若不走，將成為在野黨攻擊的焦點，除了無法說明蛋、食安、穩定物價等問題，陳還會繼續被「凌遲」，這也是總統蔡英文、行政院長陳建仁最終選擇願意「手放開」原因。
陳吉仲從農委會副主委到農業部長這7年多表現，黨內大多認為，或許他處理蛋的議題不到滿分、在論述上處理上不夠明快，但整體仍是「功大於過」，所以陳吉仲在臉書發出請辭文後，許多綠委紛紛湧入送暖，包含民進黨立委羅致政、林楚茵等人均前往留言，而蔡英文也罕見發新聞稿羅列政績，與陳建仁不謀而合地「感念」陳吉仲辛勞、表達不捨之意，連賴清德也在今（20）日下午中常會中，特別肯定陳吉仲「有做事」，並對陳吉仲說一聲辛苦了！
陳吉仲請辭，黨內定調是「政治決擇、政治決定」。黨內人士表示，相信陳吉仲的離開，讓不必要的政治語言、政治操作不攻自破，許多攻擊也會一一被澄清、驗證，如同當時在野黨攻擊高端疫苗一樣；他認為，在野黨攻擊從罵陳吉仲不要臉，轉變成「逃避質詢才請辭」，是為了罵而罵，相信民眾會慢慢回歸理性討論，而非情緒性討論雞蛋議題。
「這一定是替選舉做停損！」上述人士坦言，對手正緊抓著陳吉仲不放，擺明就是政治操作、選舉操作，並非好好的想要關心民生議題，既然對手出招，民進黨也要審慎以對，畢竟戰術是浮動的。
陳吉仲「請辭獲准」消息曝光，外傳是因派系人士擔心，陳吉仲恐影響賴清德選情「急著切割」，事後，前行政院長蘇貞昌出席活動更是驚天一怒，痛批放話者非常惡劣，表現力挺陳的態度。
當外界矛頭指向派系鬥爭下，有黨內人士卻質疑，「有人要搶位置才需要鬥爭，現在這個位置誰要去搶？上去就萬箭穿心，這時候上去何必呢？」他認為，甫升格的農業部，還有許多行政問題要處理，在還未就位情況下，要接部長的人壓力極大，何況現在在野黨又高度檢視，現在行政院找來次長陳駿季暫代部長，就是因為一時之間找不到人，要找能在短時間穩定局面的，那就是次長，但這樣難道要說是次長鬥部長嗎？
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