前國安會秘書長金溥聰接掌國民黨總統參選人侯友宜競選辦公室執行長，第一刀就是砲口對內，要殺藍營戰將立威，黨內紛紛揣測，金溥聰的作法背後是否有馬英九的因素？熟悉馬英九人士斬釘截鐵的表示：「和馬英九一點關係都沒有！金溥聰不是馬英九推薦給侯友宜的，他的行為，馬英九無從置喙。」
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侯友宜民調落後，國民黨內開始有「換侯」雜音，金溥聰近日親上火線面對黨內不同意見，國民黨立委鄭麗文近日開第一槍要求「換侯」，金溥聰直接稱就像青春痘的膿包一樣，要擠出來；面對挺郭派中常委醞釀提案，在非綠陣營中推派一組最強人選，金溥聰也嗆明這些人「居心叵測」、司馬昭之心。
由於過去金溥聰曾是馬英九的輔選大將，不少黨內人士紛紛向馬英九辦公室詢問，金為何要這樣做？是不是馬英九總統授意？但據了解，馬英九辦公室對金溥聰到處在黨內樹敵的作法，也相當困擾，實際上，馬更不過問金的行事。
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據了解，當金溥聰和鄭麗文交火時，鄭麗文直指「馬金關係漸行漸遠」，有人希望馬辦駁斥鄭麗文的說法，但馬辦則堅持不涉入黨內紛爭，請金溥聰自己解決。由於馬辦相當堅持馬英九必須保持黨內的超然中立，堅決反對馬英九涉入黨爭，不以馬辦名義發文駁斥鄭麗文，有人還因此震怒，要求與馬英九會面，也遭到馬辦拒絕。
熟悉馬英九人士表示，馬英九為人寬厚，堅定支持國民黨提名的參選人侯友宜，但他現在就是專心致力促成兩岸和平，也希望為侯友宜的選戰扮演「正能量」的幫助者。對於金溥聰或侯友宜的選戰策略，並不會涉入，也不希望外界把金溥聰的作法，解讀成是馬英九的意思，這樣的解讀，對馬英九並不公平。