釣魚台主權所屬問題長年在台、日、中之間爭論，也是傳統兩黨選舉時的政治難題。民眾黨主席柯文哲在訪日期間受訪時談到釣魚台時，避談主權議題，稱台灣的漁民不是要爭這塊土地，而是希望能在那邊捕魚，也引來國民黨、民進黨的輪番圍攻。為何柯文哲會主動談及釣魚台爭議?民眾黨發言人許甫表示，本來NHK給的提綱沒有這一題，是突然問的。
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此次跟著柯文哲一起隨團出訪的許甫還原當時的情況，他表示， NHK的主播已經將提綱中的所有題目都問完，但還剩一點時間，就在結束專訪前，NHK的主播用有點像是在聊天的情況問出這一題，而柯文哲則說出了他去看了漁民的情況，他本來就是這樣解讀釣魚台主權爭議。
許甫說，後續則因為翻譯的問題開始有了一些誤會，再加上因為只有日文版本，而台灣的媒體或讀者只能用漢字去湊出原意，後來才衍生出一系列的爭議。
至於後續要怎麼處理衍生出的政治效應?許甫說，其實有跟柯文哲討論過這個問題，也有討論是否要更強調中華民國的主權；但柯文哲則是認為，不用這麼刻意去強調，本來就是以民生優先，釣魚台爭議牽涉到中國與日本，本來就不是短時間內能解決。另外柯也認為，前後說法要一致，不輕易改變，所以隔天受訪的說法還是一樣。
至於釣魚台主權爭議是否會影響到民眾黨?有民眾黨人士表示，有很多類似的議題，台灣一般的政治人物會去斟酌哪些會加分、減分，變得小心翼翼的；但對柯文哲來講，他的風格一直是如此，雖然可能變成被攻擊的對象，但另一方面這也是負責的態度，對這方面並不擔心。
另外，有黨內人士表示，柯文哲此次訪日，也得到日本媒體相當的重視，除了NHK來專訪柯文哲之外，另外還有產經新聞在出訪前就先專訪、到了當地還有朝日新聞的支局長專門從香港飛到日本訪柯，隔天再搭班機回香港。
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而據黨內人士透露，參考當地媒體收視習慣，柯文哲的專訪播出時的收視率反應不俗，一般同時段大概是500萬戶，但柯文哲的專訪，據了解衝到800萬戶以上的成績。
「這代表日本真的很關心台灣、很關心台灣的總統大選、關心第一個訪日的候選人」。該黨內人士表示，柯文哲是第一個訪日的總統候選人，風格也與藍綠兩黨不同，「在媒體關注上，一點都不輸之前訪星的侯友宜」。