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指揮中心自2020年1月20日報請行政院核准成立，起初以三級開設；1月23日隨即提升為二級開設，由時任衛福部長陳時中擔任指揮官；同年2月27日再度提升至最高等級、一級開設，後因陳時中投入台北市長選舉，2022年7月18日改由衛福部政務次長王必勝擔任指揮官。自2020年1月20日計算迄今，至今年5月1日，指揮中心共開設3年多、1197天。
根據指揮中心統計，2023年3月20日前，嚴重特殊傳染性肺炎累計至今累計共1018萬4764本土個案、境外5萬8407例境外個案。死亡部分，累計1萬9404例本土病例，25例境外移入個案。
陳建仁受訪說，經過大家的努力，疫情過了1192天，這段期間特別感謝行政院前院長蘇貞昌行政團隊以及歷任指揮官，帶領整個防疫團隊，這段期間有跨部會的協調，也感謝第一線防疫醫療人員及服務民眾的人員，付出的辛勞與服務奉獻，此外也特別感謝2300萬人民配合政府，做好防疫工作，讓全世界看到台灣防疫上令人讚賞的成績。
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陳建仁指出，稍早也在會議上聆聽指揮中心所提出降級解編規劃，自己也同意了他們的規劃，希望能夠在衛福部成立聯繫中心，透過聯繫會報繼續監控國際疫情，做好充分的整備，因應可能接下來的變化。
陳建仁也提醒，防疫物資要做好儲備，也要求各部會繼續推動疫後特別預算，讓人民早點恢復到正常生活，讓台灣更美好、更堅韌、更溫暖，同時再次感謝2300萬人民的配合，「有你們真好，有你們團結合作、互相幫助，才有這麼好的防疫成績。」希望降級解編之後，大家生活更美滿。