小三通睽違3年後好不容易在3月下旬開放，但中國大陸福建海事局5日公布，啟動台灣海峽中北部聯合巡航巡查專項行動，揚言海事執法人員將對兩岸直航貨船、小三通客貨船實施現場檢查，我國航港局即在當日深夜表達嚴正抗議。
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中國大陸福建省海事局公布，將啟動台灣海峽中北部聯合巡航巡查專項行動，宣稱將對平潭對臺直航貨櫃航線、小三通客運航線、台灣海峽船舶慣用航路等水域進行巡航巡查，並對兩岸直航貨船實施現場檢查等情事，航港局表示，已立即透過小三通及海運小兩會聯繫管道向陸方有關單位表達我方強烈不滿與嚴正抗議，並已通知相關航運業者如遇對方海警登檢要求，應予拒絕，並立即通報海巡署協助戒護、應處。
航港局表示，疫後逐步恢復兩岸海運健康有序交流及運作，為我方持續推動之政策方向，近期小三通恢復常態化運作並擴大搭乘對象即是具體推動作法，若陸方執意採取片面作為，將對兩岸正常交流製造阻礙，我方勢將被迫採取相應作法，致後續衍生相關責任必須由陸方負擔，並非雙方所樂見，近期將密切協助航商作好通報聯繫作業，以利海巡署協助我方船舶戒護，確保我方船舶安全。