為符合機場設施使用者付費原則，考量鄰近標竿機場均向轉機過境旅客收取相關費用，交通部宣布，將自今（2023）年3月31日起向每位轉機過境旅客收取「轉機過境設施使用費」500元，將由航空公司隨機票代收，收取時間以開票日為準。
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交通部長王國材於去（2022）年11月7日立法院備詢時指示，由桃園機場公司及民航局研議向轉機過境旅客收取相關費用。經桃園機場公司及民航局考量鄰近的日本成田、韓國仁川及新加坡樟宜等標竿機場已向轉機過境乘客收取相關費用，且近年受疫情影響，機場配合執行防疫措施，並運用疫情期間強化機場各項軟硬體設施，增加旅客服務及建設資本支出，因此規劃向轉機過境旅客收取「轉機過境設施使用費」，並已與航空公司完成前置作業準備工作。
交通部強調，轉機過境旅客如持有未含本費用之機票，應於辦理轉機過境報到手續時，向航空公司櫃檯補繳；如已繳納費用但未轉機過境者，亦得申請全額退還。因轉機過境旅客係以外國人士為主，收取本費用不致對國人產生影響。
交通部指出，目前向每位出境旅客收取的機場服務費為民國58年起實施，以疫情前桃園國際機場108年旅客量約4,868萬人次，出境旅客約2,418萬人次，機場服務費年收入約106億元，並由桃園機場公司與觀光局收取各半。若以同年桃園國際機場轉機過境旅客約296萬人次，其中約有8成來自東南亞往返美加地區，以桃園國際機場108年轉機過境旅客量估算，「轉機過境設施使用費」1年可收取約15億元。
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航政司副司長韓振華受訪表示，受到疫情衝擊的影響，桃園機場的收益大幅減少，同時增加了防疫相關成本，在桃園國際機場第三航廈、第三跑道等執行中重大建設下，決定收取此費用以開源節流，後續此費用將投入機場公司的營業基金，後續將運用於機場相關建設與運營費用。
交通部表示，疫情嚴峻期間，桃園國際機場年旅客量僅約91萬人次，為108年運量的2%。隨邊境開放，各國航空運能、航點陸續恢復，目前桃園國際機場國際航線共可連結29個國家地區、63個航點，每週約1,400航班，較108年每週約近2,300航班，已恢復約6成，桃園國際機場1 至2月份旅客量為約409萬人次，已達108年同期旅客量的52%，運量已明顯復甦，預估112年旅客量應可超過2,000萬人次以上。參考108年轉機過境旅客比例預估，今年我國轉機過境旅客約可達120萬人次以上，其中桃園國際機場占比約99%。